Des bureaux à contrôles nationaux juxtaposés sont créés dans les gares de Waldshut et Erzingen. Les contrôles suisse et allemand sont effectués à ce passage frontière.
Dans les trains de voyageurs, le contrôle suisse peut aussi être effectué en cours de route sur le parcours Waldshut‑Koblenz et les contrôles suisse et allemand sur le parcours Erzingen–Schaffhouse. Le contrôle s’applique aux personnes ainsi qu’aux bagages qu’elles emportent et, en règle générale, aussi aux bagages enregistrés se trouvant dans les trains désignés selon l’art. 6, par. 2. Le contrôle peut être étendu aux colis exprès.