1C_352/2025

1.

Dirigé contre une décision finale prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public des constructions et de l'aménagement du territoire, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant l'autorité précédente et est particulièrement touché par l'arrêt attaqué qui confirme le refus du département d'entrer en matière sur sa demande de reconsidération. Il a donc un intérêt digne de protection à obtenir l'annulation de cet arrêt et dispose dès lors de la qualité pour recourir selon l'art. 89 al. 1 LTF. Sous réserve d'une motivation suffisante des griefs, les autres conditions de recevabilité sont réunies, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.

2.

Invoquant une application arbitraire du droit cantonal et une violation du droit fédéral, le recourant reproche à la Cour de justice d'avoir confirmé le refus du département d'entrer en matière sur sa demande de reconsidération. Selon lui, le biotope présent sur la parcelle s'était développé depuis plus de 25 années, justifiant que les services spécialisés de l'État se prononcent sur sa valeur et son besoin de protection avant une éventuelle remise en état.

2.1

Sous certaines conditions, les autorités administratives peuvent réexaminer leurs décisions. Elles sont toutefois tenues de le faire si une disposition légale ou une pratique administrative constante les y oblige. Tel est le cas de l'art. 48 al. 1 de la loi cantonale sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA; RS/GE E 5 10), à teneur duquel les demandes en reconsidération de décisions prises par les autorités administratives sont recevables lorsqu'un motif de révision au sens de l'art. 80 LPA, lettres a (un crime ou un délit a influencé la décision) et b (des faits ou moyens de preuve nouveaux et importants existent, que le recourant ne pouvait connaître ou invoquer dans la procédure précédente) existe; ou que les circonstances se sont modifiées dans une mesure notable depuis la première décision (art. 48 al. 1 let. b LPA).

Selon la jurisprudence de la Cour de justice relative à cette dernière hypothèse, seuls des faits nouveaux "nouveaux" (vrais novas), survenus après la prise de la décision litigieuse et qui modifient de manière importante l'état de fait ou les bases juridiques sur lesquels l'autorité a fondé sa décision, peuvent justifier sa remise en cause. L'existence d'une modification notable des circonstances au sens de l'art. 48 al. 1 let. b LPA doit en outre être suffisamment motivée, en ce sens qu'il revient à l'intéressé d'expliquer en quoi les faits dont il se prévaut représenteraient un changement notable des circonstances depuis la décision entrée en force, ainsi que de produire les moyens de preuve y relatifs, sous peine d'irrecevabilité de sa demande (cf. arrêt attaqué ATA/537/2025 du 13 mai 2025 consid. 3.1 et les références).

2.2

La jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 1 et 2 Cst. l'obligation pour l'autorité administrative de revenir sur une décision entrée en force et de procéder à un nouvel examen s'il existe un motif classique de révision. Tel est le cas si la partie requérante invoque des faits ou des moyens de preuve pertinents, qui ne lui étaient pas connus dans la procédure précédente ou qu'elle ne pouvait ou n'avait aucune raison de faire valoir à l'époque pour des motifs juridiques ou de fait. Un jugement, revêtu de l'autorité de chose jugée formelle et matérielle et qui ne peut donc plus être modifié autrement, doit pouvoir être corrigé, dans l'intérêt de la recherche de la vérité, par le moyen extraordinaire de la révision s'il apparaît par la suite qu'il repose sur un état de fait qui est erroné. Le réexamen de décisions administratives entrées en force ne doit pas être admis trop facilement; il ne saurait en particulier servir à remettre sans cesse en cause des décisions exécutoires ou à détourner les délais prévus pour les voies de droit ordinaires (ATF 136 II 177 consid. 2.1 et références; arrêts 1C_255/2023 du 29 janvier 2024 consid. 3.2.1;2C_775/2022 du 26 janvier 2023 consid. 6.2).

2.3

En l'occurrence, la Cour de justice a considéré que l'existence d'un biotope sur la parcelle ne constituait pas un changement notable des circonstances, dans la mesure où le point d'eau de 900 m² était déjà considéré comme un biotope lors de la décision du 23 janvier 2001. Les dispositions de la LPN, notamment celles relatives à la protection des biotopes (cf. art. 18 LPN et 14 al. 1 de l'ordonnance sur la protection de la nature et du paysage du 16 janvier 1991 [OPN; RS 451.1]), étaient en outre déjà en vigueur lors de la décision de 2001 et la loi cantonale sur la biodiversité du 14 septembre 2012 (LBio; RS/GE M 5 15) était certes entrée en vigueur le 10 novembre 2012, mais ne concernait pas les biotopes. Quant aux animaux présents sur la parcelle, la cour cantonale a relevé que plusieurs espèces avaient déjà été observées sur le site en 2001. Les juges cantonaux ont par conséquent considéré que le recourant n'avait pas amené la preuve de l'existence d'une situation rendant un réexamen de la décision du 23 janvier 2001 obligatoire.

2.4

Le recourant relève, à juste titre, qu'il est difficile de soutenir que l'espace naturel présent sur la parcelle n'aurait pas évolué en l'espace de 25 années depuis la décision du 23 janvier 2001.

Certes, la zone naturelle de 950 m² qui avait été aménagée par le recourant en 1999 était déjà considérée comme un biotope en janvier 2001. Cela ne signifie toutefois pas pour autant qu'elle ne se serait par la suite pas développée naturellement. Au contraire, il est très vraisemblable que, en l'espace de plus de deux décennies, l'importance du biotope se soit considérablement étendue et qu'il constitue dorénavant un vaste espace vital pour une multitude d'espèces. L'âge d'un biotope au sens de l'art. 18 LPN et sa dynamique naturelle sont des éléments qui doivent être pris en considération dans l'examen de ses qualités naturelles et écologiques. Plus un espace naturel se développe par l'écoulement du temps, plus ses fonctions vitales dans l'équilibre écologique sont susceptibles d'acquérir de l'importance. La définition d'un biotope au sens juridique, qui correspond sur le plan écologique à un écosystème, dépend en effet de la biocénose et du réseau trophique qui se sont développés au sein de ce dernier (cf. KARIN SIDI-ALI, La protection des biotopes en droit suisse - Étude de droit matériel, 2008, pp. 3 et 4), ce qui implique inévitablement une dimension temporelle. La conversion d'une prairie surfertilisée en prairie maigre pourrait, par exemple, prendre des décennies. En outre, de très nombreuses espèces végétales et animales deviennent rares en raison de leur inféodation à d'anciens biotopes (cf. KÄGI/STALDER/THOMMEN, Reconstitution et remplacement en protection de la nature et du paysage, Guide de l'environnement n° 11, OFEV [anciennement OFEFP], 2002, p. 30, ch. 3.1.5.7). L'instance précédente ne pouvait par conséquent pas simplement ignorer la maturation acquise depuis 2001 par le biotope.

Le rapport "Évaluation des valeurs biologiques d'un biotope aquatique et ses environs" du bureau d'étude B.________ de septembre 2022, produit en cours de procédure, a justement conclu que le biotope naturel s'étendait à présent sur une superficie de 1'500 m² et que l'étang situé sur le site avait permis à toute une faune et flore de se développer et que plusieurs espèces menacées et/ou prioritaires y avaient été trouvées (Couleuvre à collier, Orchis pyramidal, Calloptène italien et diverses espèces d'orthoptères menacées), lesquelles profitaient de la végétation riveraine et des milieux adjacents. L'intérêt de ce site pour les espèces liées aux zones humides est d'autant plus conséquent que les plans d'eau étaient rares dans la région. L'OFEV a aussi constaté que l'étang sur le site accueillait plusieurs espèces d'amphibiens protégées, ainsi que d'autres espèces figurant sur la Liste des espèces et milieux prioritaires au niveau national, de même qu'une végétation de rives devant être considérée comme digne de protection. L'office fédéral a encore mis en avant l'importance du rôle de liaison de l'étang entre les habitats naturels se situant aux alentours, en particulier avec un site de reproduction de batraciens d'importance nationale.

Il n'est pas déterminant que certaines de ces espèces étaient déjà présentes lorsque la décision du 23 janvier 2001 a été rendue. Le 22 septembre 2000, un rapport d'expertise qualitative avait ainsi décrit les aménagements qui avaient été mis en place par le recourant et plusieurs espèces animales avaient alors déjà été observées. À l'époque de ce prononcé, l'espace naturel du recourant venait toutefois d'être aménagé, présentait des qualités écologiques moindres et n'accueillait notamment pas les espèces protégées ou menacées précitées, de sorte que sa suppression l'emportait sur sa conservation. Cela étant, l'instance précédente ne pouvait pas ignorer qu'en l'espace de deux décennies, durant lesquelles les autorités cantonales n'ont pas mis en application leur décision de remise en état, le biotope s'est naturellement développé de telle manière à permettre à la biodiversité d'évoluer et de prospérer dans un espace garantissant la survie des populations qui s'y sont durablement installées. L'origine artificielle du biotope n'affecte par ailleurs pas sa valeur (cf. arrêt 1A.170/2006 du 6 juillet 2007 consid. 4.2; KARIN SIDI-ALI, op. cit., p. 19).

Au vu des nombreuses observations effectuées par l'expert mandaté par le recourant, qui ont été confirmées par l'OFEV, l'espace naturel accueille dorénavant des espèces menacées et rares, ce qui constitue l'un des critères pour déterminer si un biotope est digne de protection au sens de l'art. 18 al. 1bis LPN (cf. arrêt 1C_650/2023 du 24 février 2026 consid. 11.2). Dans la même mesure, le rôle de connexion du site fréquenté par les espèces, permettant de relier les habitats propices aux amphibiens qui se situent aux alentours, est un autre critère devant être pris en compte dans cet examen (cf. art. 14 al. 3 let. e OPN). Une fonction dans l'équilibre écologique pourrait par ailleurs déjà suffire à justifier une intervention (cf. KARIN SIDI-ALI, op. cit., p. 109). En définitive, la maturation et l'ancienneté du biotope présent sur la parcelle du recourant sont autant de points qui n'auraient pas dû être ignorés par la Cour de justice.

2.5

Dans ces conditions, les éléments apportés par le recourant permettent d'établir que le biotope naturel présent sur la parcelle s'est notablement transformé depuis la décision de janvier 2001. Les juges cantonaux ne pouvaient par conséquent pas se contenter de simplement soutenir que l'existence d'un biotope avait déjà été constatée lors de la première décision de janvier 2001 et qu'il ne s'agissait ainsi pas d'un changement notable des circonstances au sens de l'art. 48 al. 1 let. b LPA. Contrairement à ce que le raisonnement de l'instance précédente laisse apparaître, l'évolution naturelle du biotope constitue un fait nouveau "nouveau" pertinent au sens de sa jurisprudence, qui justifie, aussi pour des motifs liés au droit d'être entendu, d'examiner si la décision du 23 janvier 2001 doit être reconsidérée.

Il revenait ainsi à la cour cantonale, respectivement au département, d'entrer en matière sur la demande de reconsidération et de solliciter l'avis des offices cantonaux spécialisés afin de déterminer si le biotope présent sur la parcelle est digne de protection au sens de l'art. 18 al. 1bis LPN. Au terme de la mise en oeuvre de ces mesures d'instruction, une pesée des intérêts devra être effectuée afin de déterminer si le biotope présent sur le site et son éventuel caractère digne de protection justifient une reconsidération de l'ordre de remise en état initial du 23 janvier 2001.

3.

Au vu des éléments qui précèdent, le recours se révèle bien-fondé. L'arrêt du 13 mai 2025 est annulé et la cause est renvoyée à l'instance précédente afin qu'elle procède dans le sens des considérants et qu'elle rende une nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Il n'est pas perçu de frais de justice (cf. art. 66 al. 4 LTF). L'État de Genève versera des dépens au recourant qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un mandataire (art. 68 al. 1 LTF).