Divers. Réduction des paiements directs dans l’agriculture.

en droit

1. La loi sur la procédure administrative (LPA) du 18 mars 2025 est entrée en vigueur le 1^er janvier 2026 (FO 2025 N° 13), remplaçant et abrogeant ainsi la loi sur la procédure et la juridiction administrative (LPJA) du 27 juin 1979 (art. 130 LPA). Aux termes de l’article 131 LPA, ladite loi s’applique aux procédures pendantes à son entrée en vigueur. Par conséquent, il y a lieu d’appliquer à la présente cause les dispositions de la LPA.

2. a) Les articles 101 et 102 LPA distinguent les décisions finales des décisions incidentes. Par décision finale, on entend les décisions qui mettent fin à la procédure au sens de l’article 90 LTF. La règle veut que ces décisions soient contestées immédiatement, pendant le délai de recours, sous peine de la déchéance du droit (Zen-Ruffinen, Droit administratif et procédure administrative, vol. II, 2025, n. 1413, p. 455). Les décisions incidentes sont quant à elles attaquables aux conditions posées par l’article 102 LPA, à savoir si elles sont susceptibles de causer un préjudice irréparable (art. 102 al. 2 let. a LPA) ou si l’admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d’éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 102 al. 2 let. b LPA). Si le recours n’est pas recevable en application de l’article 102 al. 2 LPA ou s’il n’a pas été utilisé, la décision incidente peut être attaquée avec la décision finale dans la mesure où elle influe sur le contenu de celle-ci (art. 102 al. 3 LPA). Le principal enjeu concret de la distinction entre les décisions finales et les décisions incidentes concerne le recours. Ces deux types de décisions peuvent faire l’objet d’un recours, mais le moment auquel il doit ou peut être interjeté n’est pas nécessairement le même (Zen-Ruffinen, op. cit., n. 1413, p. 455).

Les décisions de renvoi, par lesquelles une affaire est renvoyée à l'instance précédente pour une nouvelle décision, sont en principe considérées comme des décisions incidentes, car elles ne mettent pas fin à la procédure ; elles ne peuvent être contestées devant le Tribunal cantonal que dans les conditions mentionnées ci-avant. Le fait que des aspects matériels partiels du litige y soient tranchés ne change rien à cette qualification (ATF 134 II 124 cons. 1.3). La Cour de droit public a notamment jugé, dans un arrêt du 3 septembre 2015 (CDP.2014.281), publié au RJN 2015, p. 515 – confirmé dans un arrêt du 19 juillet 2018, publié au RJN 2018, p. 802 –, qu’une décision par laquelle une autorité annule la décision de l’autorité inférieure et lui renvoie la cause pour complément d’instruction et nouvelle décision ne met pas un terme à la procédure et doit être considérée comme une décision incidente. Toutefois, si l'instance inférieure à laquelle l'affaire est renvoyée ne dispose plus d'aucune marge de manœuvre décisionnelle et que le renvoi sert uniquement à mettre en œuvre (de manière purement arithmétique) la décision de l'instance supérieure, il ne s'agit pas matériellement d'une décision incidente, mais d'une décision finale au sens de l'article 101 LPA, qui est susceptible d’un recours immédiat. En définitive, une décision de renvoi ne constitue pas une décision incidente uniquement s'il peut être exclu que l’autorité doive se prononcer une deuxième fois sur le litige (arrêts du TF des 13.11.2025 [8C_313/2024] cons. 1.3, 25.08.2023 [8C_244/2018] cons. 1.3, 23.01.2019 [9C_348/2018] cons. 2.2 et 26.10.2018 [8C_244/2018] cons. 2.3 et 3.3).

b) En l’occurrence, dans la décision attaquée, le DDTE confirme une entrave au contrôle au sens du chiffre 2.1.4 de l’annexe 8 OPD, mais renvoie l’affaire au SAGR en lui demandant de préciser la base de calcul, à savoir les contributions directes concernées, permettant de calculer la sanction administrative prononcée. En effet, le département a considéré que la réduction opérée sur la base du chiffre 2.1.4 let. a 1^ère partie de l’annexe 8 OPD n’était pas pertinente, puisque ce cas de figure correspondait au manque de collaboration ou menaces dans le domaine des prestations écologiques requises (PER) et de la protection des animaux. Il a retenu que le calcul de la sanction devait être effectué sur la base de la 2^ème partie du chiffre 2.1.4 let. a de l’annexe 8 OPD, à savoir la catégorie « autre domaine ». Dans ces circonstances, le SAGR, hormis le fait d’avoir à préciser, conformément aux indications impératives de la décision attaquée, les contributions concernées et d’appliquer à celles-ci le taux de 10 %, avant de rendre une nouvelle décision, ne dispose plus d’aucune marge de manœuvre (cf. ATF 138 I 143 cons. 1.2 ; arrêt du TF du 12.12.2018 [2C_1085/2018] cons. 4.3, en matière fiscal par exemple, lorsque l’autorité à laquelle l’affaire est renvoyée n’a aucune marge de manœuvre, notamment lorsqu’il ne lui reste plus qu’à calculer le montant de l’impôt, en appliquant les règles définies dans la décision de renvoi ; un tel arrêt est en effet considéré comme final). Le renvoi sert donc uniquement à la mise en œuvre arithmétique de la décision du département. En d’autres termes, le SAGR devra calculer le montant de la sanction administrative en appliquant les règles définies par le DDTE dans son prononcé. Par conséquent, la décision querellée doit être considérée comme une décision finale, au sens de l'article 101 LPA, contre laquelle un recours est recevable.

c) Au surplus, interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.

3. a) Selon l'article 1 de la loi fédérale sur l'agriculture du 29 avril 1998 (RS 910.1 ; ci-après : LAgr), la Confédération veille à ce que l'agriculture, par une production répondant à la fois aux exigences du développement durable et à celles du marché, contribue substantiellement à la sécurité de l'approvisionnement de la population (let. a), à la conservation des ressources naturelles (let. b), à l'entretien du paysage rural (let. c), à l'occupation décentralisée du territoire (let. d) et au bien-être des animaux (let. e). La Confédération prend notamment comme mesure celle de rétribuer, au moyen de paiements directs, les prestations d'intérêt public fournies par les exploitations paysannes cultivant le sol (art. 2 al. 1 let. b LAgr).

Aux termes de l'article 70 al. 1 LAgr, des paiements directs sont octroyés aux exploitants d’entreprises agricoles dans le but de rétribuer les prestations d’intérêt public. Les paiements directs comprennent notamment les contributions à la biodiversité (art. 70 al. 2 let. c LAgr). Des contributions à la biodiversité sont octroyées dans le but de promouvoir et de préserver la biodiversité. Elles sont versées par hectare de surface de promotion de la biodiversité et échelonnées selon la zone, le type de surface et le niveau de qualité (art. 73 al. 1 LAgr). Le Conseil fédéral fixe le type et le niveau de qualité des surfaces de promotion de la biodiversité qui donnent droit à des contributions (art. 73 al. 2 LAgr). Selon l’article 55 al. 1 let. a OPD, pour les prairies extensives, la contribution à la biodiversité est versée par hectare pour les surfaces de promotion de la biodiversité suivantes, en propre ou en fermage. Les surfaces doivent être fauchées au moins une fois par an. La première fauche ne doit pas avoir lieu avant le 1^er juillet dans les zones de montagne I et II (ch. 1.1.1 let. b annexe 4 OPD).

b/aa) Les contributions peuvent être réduites ou refusées si le requérant viole la LAgr, ses dispositions d’exécution ou les décisions qui en découlent. Les contributions sont réduites ou refusées au moins pour les années où le requérant a violé les dispositions. En cas de non-respect des dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l’environnement et des animaux applicables à la production agricole, les réductions et les refus peuvent concerner tous les types de paiements directs. Le Conseil fédéral règle les réductions applicables en cas de violation de dispositions relatives aux paiements directs et à la production végétale (art. 170 LAgr). Ce faisant, il a adopté l’article 105 OPD, aux termes duquel les cantons réduisent ou refusent les paiements directs conformément à l’annexe 8 OPD. Le chiffre 1.1 de cette annexe prévoit que si des manquements sont constatés, les contributions pour une année donnée sont réduites au moyen de déductions de montants forfaitaires, de montants par unité, d’un pourcentage de la contribution concernée ou d’un pourcentage de l’ensemble des paiements directs. La réduction d’une contribution peut être plus élevée que le droit aux contributions ; dans ce cas, le montant est déduit d’autres contributions. Les réductions ne peuvent cependant pas dépasser la totalité des paiements directs pour une année. Dans le cadre des paiements directs aux exploitations gérées toute l'année, le chiffre 2.1 de l'annexe 8 OPD prévoit des réductions pour les lacunes dans les conditions générales d'octroi des contributions et les données relatives aux structures. En particulier, le chiffre 2.1.4 let. a de l'annexe 8 OPD, concernant le « contrôle dans l’exploitation », dispose que les entraves aux contrôles, le manque de collaboration ou les menaces conduisant à des charges supplémentaires (art. 105 OPD), sont passibles d’une réduction de 10 % de tous les paiements directs, au minimum 2'000 francs et au maximum 10'000 francs en cas de « manque de collaboration ou menace dans le domaine des PER et de la protection des animaux » et d’une réduction de 10 % des contributions concernées, au minimum 200 francs et au maximum 2'000 francs dans les « autres domaines ».

b/bb) Conformément à l’article 104 OPD, le canton contrôle la conformité des données visées à l’article 98 al. 3 à 5 OPD, et règle les détails concernant les contrôles (al. 1). Le canton sur le territoire duquel se situe le domicile de l’exploitant ou le siège de la personne morale est responsable de la planification, de l’exécution et de la documentation des contrôles, conformément à la présente ordonnance (al. 2). La réalisation des contrôles et les modalités y afférentes sont décidées par le canton et non par les exploitants (arrêt du TAF du 03.12.2024 [B-2594/2022] cons. 4.6.1.1). Ce faisant, le canton de Neuchâtel a adopté la loi cantonale sur la promotion de l’agriculture (LPAgr ; RSN 910.1) ainsi que son règlement général d’exécution (RELPAgr ; RSN 910.10). Selon l’article 9 al. 1 LPAgr, les préposés régionaux agricoles sont chargés d'effectuer les contrôles prévus par la législation fédérale, notamment en matière de paiements directs. L'Etat peut confier certaines tâches en relation avec les contrôles effectués par les préposés régionaux agricoles à des organisations indépendantes (art. 9 al. 2 LPAgr). Selon l’article 20 RELPAgr, lorsque le préposé régional agricole ou l'organisation indépendante chargée du contrôle constate que les données fournies par l'exploitant sont inexactes, ou que les conditions et charges prévues par le droit fédéral ou les règles admises par les autorités fédérales ne sont pas respectées, il en informe immédiatement l'exploitant par écrit (al. 1). Par sa signature sur la formule ad hoc, l'exploitant atteste qu'il a pris connaissance du constat du préposé ou de l'organisation indépendante (al. 2). Le service détermine si le requérant a droit à la contribution requise et, le cas échéant, il en fixe le montant (art. 22 al. 1 RELPAgr). Les décisions du service peuvent faire l'objet d'une réclamation motivée dans les trente jours à compter de leur notification (art. 23 al. 1 RELPAgr). Le service statue sur la réclamation en prenant une décision sujette à recours (art. 24 RELPAgr).

c) Le principe de la légalité, ancré à l'article 5 al. 1 Cst. féd., exige que les autorités n'agissent que dans le cadre fixé par la loi. Les actes étatiques doivent se fonder sur une base légale matérielle, suffisamment précise et édictée par les autorités habilitées à le faire. Cela est commandé par l’impératif démocratique du respect de la répartition des compétences entre les organes de l'Etat, d’une part, et, d'autre part, par l'exigence de la légalité et de la prévisibilité de l'action étatique comme fondement de l'Etat de droit (ATF 141 II 169 cons. 3.1). Dès lors, l'administration doit respecter toutes les prescriptions légales et agir seulement si la loi le lui permet (principe de l'exigence d'une base légale ; cf. à ce sujet notamment Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2011, p. 149, n. 448).

4. En l’espèce, le litige porte sur la question de savoir si, lors du contrôle du 1^er novembre 2023, le recourant a commis une entrave à celui-ci. Le département, à la différence du SAGR, considère que le refus de signer les protocoles établis lors du contrôle ne constitue pas une entrave. En revanche, le fait de ne pas s’être rendu à la séance du 20 décembre 2023 est retenu comme une entrave au contrôle. Pour sa part, le recourant fait valoir que le contrôle du 1^er novembre 2023 a été mené à son terme, que l’ensemble des plans ont été signés à l’exception de celui relatif à la parcelle « [aaa] », et que les protocoles afférents ont été complétés. Il ajoute que l’invitation à la rencontre du 20 décembre 2023 faisait suite à trois échanges écrits dans lesquels il justifiait son refus de signer lesdits protocoles. À cet égard, il relève que le chiffre 2.1.4 de l’annexe 8 OPD dispose de manière claire que les entraves ne peuvent se produire que pendant la réalisation du contrôle et sur le site de l’exploitation. Dès lors, le refus de participer à une séance portant sur un contrôle déjà effectué ne saurait constituer une entrave au contrôle au sens du chiffre 2.1.4 let. a de l’annexe 8 OPD.

La Cour de céans ne saurait suivre le raisonnement mené par le SAGR, puis par le DDTE pour les raisons suivantes. Tout d’abord, à l’instar du département, il convient d’admettre que le formulaire de l’ANAPI « protocole de constat de la vérification des données de structure, SPB, réseau et paysage » contient un espace destiné à la signature de l’exploitant dans le but d’attester que celui-ci a pris connaissance dudit rapport de contrôle (cf. art. 20 al. 2 RELPAgr). Quand bien même le recourant a refusé d’apposer sa signature sur les protocoles de contrôle, il a eu connaissance de leurs contenus, respectivement des manquements qui lui étaient reprochés. Cela ressort du fait qu’il a, conformément aux indications figurant sur lesdits documents, formé une contestation écrite auprès de l’organisme compétent en date du 3 novembre 2023. Quoi qu’il en soit, même si le département soutient que la signature vaut uniquement « prise de connaissance » et qu’il aurait été préférable que le recourant signe plutôt que de montrer son mécontentement, il convient d’admettre qu’une incertitude objective pouvait subsister quant à la portée juridique d’un tel acte, en particulier pour un administré dépourvu de formation juridique. Dans ces conditions, le refus du recourant d’apposer sa signature visait légitimement à éviter toute apparence d’acceptation ou de reconnaissance du contenu du protocole et procède d’une attitude juridiquement prudente, qui ne saurait, dès lors, être assimilée à un comportement obstructif ni qualifiée d’entrave au contrôle. Par surabondance, on relèvera qu’une signature est, par principe, apposée au terme d’un contrôle. Or, le contrôle du 1^er novembre 2023 avait, quoi qu’il en soit, déjà été mené à son terme par la contrôleuse de l’ANAPI, laquelle avait pu relever l’ensemble des éléments utiles et les consigner dans les documents idoines. Dans ces conditions, à l’instar du département, on ne discerne pas en quoi le recourant aurait pu entraver ledit contrôle en refusant de signer les protocoles, refus motivé principalement par son désaccord quant au contenu des constatations qui y étaient retranscrites.

S’agissant ensuite du refus de se rendre à la séance du 20 décembre 2023, il ressort des éléments du dossier que le contrôle sur le site de l’exploitation s’est déroulé le 1^er novembre 2023. A la suite de ce contrôle, le recourant a, par courrier du 3 novembre 2023, adressé à l’ANAPI une « réclamation » écrite contestant les manquements qui lui étaient reprochés. Par courrier du 10 novembre 2023, l’ANAPI a répondu à cette réclamation, à quoi le recourant a répliqué le 12 novembre 2023. Le 16 novembre 2023, l’intéressé s’est ensuite adressé à l’OPDI, respectivement au SAGR, en se référant notamment au contrôle effectué par l’ANAPI le 1^er novembre 2023. A l’issue de ces échanges, le SAGR a, par courrier du 29 novembre 2023, invité le recourant à se rendre dans ses locaux afin de discuter conjointement avec la contrôleuse de l’ANAPI et un représentant du SFFN. Ce courrier comportait la mention suivante : « [n]ous vous remercions de votre présence par mail à l’adresse opdi@ne.ch », formulation dont il apparaît qu’elle est manifestement incomplète, le terme « confirmer » semblant y faire défaut. Par courrier du 3 décembre 2023, l’intéressé a indiqué qu’il ne souhaitait pas se rendre à ladite rencontre, précisant ne pas vouloir être confronté à la contrôleuse de l’ANAPI. Il a en outre ajouté attendre des réponses écrites à la « réclamation » qu’il avait précédemment formée. Tout d’abord, on relèvera que la tenue d’une séance postérieure à un contrôle, qu’elle soit ou non qualifiée de conciliation, n’est prévue ni par l’OPD, ni par la législation cantonale d’exécution en matière de procédure de contrôle (cf. art. 20ss RELPAgr). Ainsi, une rencontre organisée après l’achèvement du contrôle ne saurait être considérée comme faisant partie intégrante du contrôle au sens strict, mais relèverait, tout au plus, d’une étape facultative de la procédure de contestation. On constatera que le contrôle du 1^er novembre 2023 a été mené à terme, que les éléments nécessaires ont été relevés et les manquements reprochés ont été protocolés par la contrôleuse de l’ANAPI. Le refus du recourant de participer à la séance du 20 décembre 2023 n’a eu aucun impact sur l’exécution matérielle du contrôle. Il convient de rappeler que le devoir de collaboration de l’exploitant vaut exclusivement dans le cadre du contrôle et vise à permettre aux contrôleurs d’accéder aux informations et aux installations (cf. voir à ce titre arrêt du TAF précité [B-2594/2022] cons. 4.6.1.2) ; il ne saurait être étendu, sans base légale expresse, à des séances de discussion, à des échanges explicatifs ou à des démarches de clarification postérieures. S’il ressort des éléments du dossier que le comportement du recourant n’est certes pas entièrement exempt de tous reproches, celui-ci s’étant déjà vu réduire les contributions concernées pour refus de contrôle (décision du SAGR du 21.02.2018), il n’en demeure pas moins qu’il ne saurait être admis qu’il a entravé ou manqué de collaborer au contrôle du 1^er novembre 2023. À supposer même que la séance du 20 décembre 2023 puisse être qualifiée de séance de conciliation – ce qui n’est, d’une part, pas prévu par la loi et, est d’autre part, contredit par le contenu du courrier du 29 novembre 2023, laissant penser qu’il s’agissait d’une invitation à une séance facultative que le recourant était libre de décliner – le fait que l’intéressé ne s’y soit pas présenté ne représente aucune entrave au contrôle ou manque de collaboration ayant conduit à des charges supplémentaires. Il appartenait plutôt à l’autorité, dans ce cas, de poursuivre la procédure administrative, laquelle est en principe écrite, et de rendre une décision portant, le cas échéant, sur la réduction des paiements directs sur la base des manquements constatés lors du contrôle litigieux (cf. art. 22 et 24 RELPAgr ; ch. 1.1 et 2.4.6 de l’annexe 8 OPD qui concerne les manquements aux points de contrôle pour les prairies extensives).

Par conséquent, le refus du recourant de participer à une séance non obligatoire, organisée postérieurement à un contrôle déjà intégralement exécuté, ne saurait être qualifié d’entrave au contrôle au sens du chiffre 2.1.4 let. a de l’annexe 8 OPD. Une telle séance ne fait pas partie du contrôle, aucune base légale n’en impose la participation et aucun effet concret sur l’exécution du contrôle n’est établi. Assimiler ce refus à une entrave ou à un manque de collaboration violerait le principe de la légalité (cf. art. 5 al. 1 Cst. féd.).

5. L’autorité peut, d’office ou sur requête, suspendre la procédure pour des motifs d’opportunité (art. 39 LPA).

Le recourant sollicite la suspension de la procédure jusqu’à ce qu’il soit en possession de l’ensemble des décisions correctives relatives aux décomptes des années 2023 et 2024, ainsi que de la décision portant sur la demande de révision de la décision du 4 juillet 2018. Il propose en outre que l’ensemble des recours éventuels soient traités dans le cadre d’une procédure unique. La requête de l’intéressé doit être rejetée, dès lors que l’issue de la présente cause ne dépend pas de l’examen global des litiges opposant le recourant au SAGR, respectivement au département. La question déterminante, à savoir l’existence ou non d’une entrave ou d’un manque de collaboration lors du contrôle du 1^er novembre 2023, peut en effet être tranchée indépendamment des éléments relevant d’autres procédures.

6. Les considérants qui précèdent conduisent à l’admission du recours et à l’annulation des décisions des 26 mars 2025 du DDTE et 15 avril 2024 du SAGR.

Vu l’issue de la cause, il est statué sans frais, les autorités cantonales n’en payant pas (art. 69 al. 1 let. a LPA). Il n’est pas alloué de dépens au recourant qui n’est pas représenté par un mandataire professionnel et qui n’allègue pas avoir engagé des frais particuliers pour la défense de ses intérêts (art. 72 al. 1 LPA).