114 IA 461

Considerando in diritto:

1. L'ammissibilità del ricorso di diritto pubblico dev'essere vagliata d'ufficio e con pieno potere cognitivo, senza riguardo all'opinione delle parti (DTF 113 Ia 394 consid. 2 con richiamo). Lo stesso principio vale per la legittimazione a ricorrere (DTF 113 Ia 249 consid. 2 con rinvii) che, subordinata all'esistenza di un atto impugnabile giusta l'art. 84 cpv. 1 OG (DTF 113 Ia 235 consid. 2a), è indipendente dalla procedura cantonale (DTF 110 Ia 74 consid. 1 in fine). Il primo punto da chiarire verte quindi sul carattere della comunicazione emessa dal Sostituto Giudice istruttore. Ove questa dovesse adempiere i requisiti dell'art. 84 cpv. 1 OG, si potrà indagare sulla legittimazione a ricorrere della società Z (art. 88 OG): è vero infatti che Y lavora per tale fiduciaria (X si è messo in proprio nel frattempo), si è valso di personale e ha utilizzato strutture della medesima affidando alla ditta anche l'incasso degli onorari, ma v'è da domandarsi se ciò basti a ledere la società "personalmente". Per contro, ove la comunicazione del Sostituto Giudice istruttore non costituisse un atto impugnabile, il problema della legittimazione si esimerebbe e il gravame riuscirebbe inammissibile già sotto il profilo dell'art. 84 cpv. 1 OG.

2. L'art. 84 cpv. 1 OG prevede che il ricorso di diritto pubblico è esperibile "contro le decisioni e i decreti cantonali". Nella fattispecie non si è in presenza di un "decreto" nel senso appena espresso, ovvero di una normativa avente carattere obbligatorio generale (DTF 113 Ia 234 consid. 1). Il ricorso in oggetto è ammissibile, pertanto, solo se l'atto impugnato costituisce una "decisione". Se non che, un atto in cui si manifesta l'imperio statale in un caso concreto non è per forza una decisione. Quest'ultima non deve rispondere necessariamente ai presupposti dell'art. 5 PA (AUER, La juridiction constitutionnelle en Suisse, Basilea 1983, pag. 179 n. 323), ma deve raffigurare quanto meno un atto d'imperio che tocca la situazione giuridica del singolo obbligandolo a fare, omettere o tollerare alcunché, o che regola altrimenti d'autorità - con carattere vincolante e possibilità di esecuzione coercitiva - i rapporti del singolo con lo Stato (DTF 114 Ia 15 consid. 1a con riferimenti). In proposito l'art. 5 PA è applicabile per analogia (KNAPP, Précis de droit administratif, 3a edizione, pag. 183 n. 959).

a) La legge ticinese sulla tariffa giudiziaria, del 14 dicembre 1965 (LTG), dispone all'art. 33:

L'indennità del perito, dell'interprete e del traduttore è stabilita inappellabilmente dal giudice secondo il suo libero apprezzamento, tenendo conto della natura e della difficoltà del lavoro. Se il parere è presentato per iscritto, il perito deve presentare la sua nota scritta.

Tale norma non fa stato solo per la giustizia civile: l'art. 45 LTG prescrive che in sede penale "l'indennità del perito, dell'interprete e del traduttore è stabilita inappellabilmente dal giudice o dal magistrato requirente o inquirente in conformità all'art. 33". Gli art. 33 e 45 LTG hanno inteso scostarsi dalla legislazione anteriore nel convincimento che "solo chi ha ordinato la perizia sia in grado di valutare il lavoro svolto dal perito" e che lo stanziamento di indennità fisse non permette di considerare "la varietà delle perizie" e "il differente impegno" da esse richiesto (Messaggio 9 dicembre 1964 del Consiglio di Stato, in: Verbali del Gran Consiglio, sessione autunnale 1965, pag. 152). Rimane il problema di chiarire se il giudizio "inappellabile" del magistrato committente abbia carattere obbligatorio, definisca cioè in modo autoritativo la pretesa pecuniaria del perito nei confronti dell'ente pubblico.

b) Il perito giudiziario è legato all'autorità di nomina da un rapporto di diritti e obblighi simile a un contratto di mandato (GAUTSCHI in: Berner Kommentar, 2a edizione, nota 34b ad art. 394 CO; KNAPP, op.cit., pag. 538 n. 3065). Ciò non significa che eventuali vertenze debbano essere risolte in base al diritto civile: il magistrato committente agisce infatti come detentore di pubblico potere e il perito funge da ausiliare della giustizia (Niklaus SCHMID, Der Büchersachverständige im Strafverfahren, in: Rivista Penale Svizzera 104/1987, pag. 377 segg.); la mansione del perito è prevista inoltre da ordinamenti di diritto pubblico (art. 96 segg. CPP ticinese, art. 247 segg. CPC ticinese, art. 29 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966, LPAmm). La questione di sapere se un litigio tra il perito e l'autorità debba dirimersi sulla scorta del diritto civile o del diritto amministrativo non è senza peso: solo le controversie civili - e non quelle amministrative - rientrano nelle previsioni dell'art. 6 par. 1 CEDU (conferiscono cioè il diritto di adire un tribunale indipendente) e soggiacciono alla garanzia del giudice naturale secondo l'art. 58 cpv. 1 Cost. (DTF 107 Ia 137 consid. 2a). L'art. 58 cpv. 1 Cost. ha, per altro, la stessa portata dell'art. 6 par. 1 CEDU (DTF 112 Ia 293 consid. 3b). Il fatto è che l'art. 6 par. 1 CEDU non si riferisce solo alle controversie civili in senso stretto, ma anche a quelle il cui esito è di incidenza immediata su diritti e obblighi di carattere civile (KÖLZ in: Kommentar zur Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft, nota 43 ad art. 58 Cost.; MIEHSLER in: Internationaler Kommentar zur Europäischen Menschenrechtskonvention, note 63 segg. ad art. 6 CEDU; MALINVERNI in: FJS n. 1374, pag. 5 segg.). La qualificazione del rapporto giuridico tra il perito e l'ente pubblico può - in ogni modo - restare indecisa ove risulti che, a prescindere dalla natura dell'incarico, è data la possibilità di adire un giudice indipendente e imparziale, abilitato a pronunciarsi con piena cognizione sull'entità del compenso. In tal caso sarebbero ossequiate tanto le premesse dell'art. 6 par. 1 CEDU quanto le esigenze dell'art. 58 cpv. 1 Cost.

c) È pacifico intanto che, qualora fosse parte a un mandato giusta gli art. 394 segg. CO, il perito potrebbe rivolgersi al giudice civile (nella fattispecie, al Pretore: art. 17 lett. f CPC), il quale ha piena cognizione in fatto e in diritto per statuire sull'ammontare della mercede. Nell'ipotesi in cui il rapporto che vincola il perito allo Stato fosse invece di diritto pubblico, la giurisdizione civile sarebbe incompetente. Il perito potrebbe rivolgersi però, nel Ticino, al Tribunale cantonale amministrativo, che "giudica quale istanza unica" e con pieno potere cognitivo i litigi derivanti "da contratti di diritto pubblico in cui lo Stato è parte" (art. 71 lett. b e 74 LPAmm). Ne segue che, comunque si qualifichi giuridicamente l'incarico di eseguire una perizia, l'esperto ha modo di rivendicare il suo compenso davanti a un'autorità giudiziaria indipendente e imparziale munita di piena cognizione. Ciò esclude che in concreto il provvedimento del Sostituto Giudice istruttore abbia indole coercitiva: il perito non ha l'obbligo di accettare la riduzione di onorario praticatagli dal magistrato; se non intende adagiarvisi, può far valere i suoi diritti in via d'azione (civile o di diritto amministrativo, il quesito non dev'essere risolto) e chiedere la condanna dello Stato al pagamento della differenza.

d) Sussiste il problema di sapere quale senso abbia il giudizio "inappellabile" del magistrato committente che riduce l'onorario del perito (art. 33 e 45 LTG). Esso non costituisce certo una decisione a mente dell'art. 84 cpv. 1 OG; è un mero atto amministrativo con cui l'autorità respinge parzialmente una pretesa azionabile. Pur emanando dall'ente pubblico (lo Stato si riconosce debitore nella misura in cui ammette la pretesa), esso non è obbligatorio. Pur sottratto a ogni genere di impugnazione (l'art. 226 cpv. 1 CPP permette invece il reclamo contro gli altri provvedimenti e le omissioni del Procuratore pubblico o del Giudice istruttore), esso non costringe il perito a tollerare alcunché, Lo stesso art. 5 cpv. 3 PA ricorda che le dichiarazioni con cui un'autorità rifiuta o solleva "pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni", proprio perché equivalgono a semplici affermazioni di parte, sfornite di carattere imperativo (GRISEL, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, vol. II, pag. 860; GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2a edizione, pag. 132 supra). Tutt'al più esse sono idonee a far sorgere, ma non a definire una controversia. L'atto querelato non configurando una decisione, i ricorrenti non possono lamentare pregiudizio di sorta. Il gravame in rassegna, improponibile nel suo intero, sfugge così a un sindacato di merito.