Reprise de cotisaitons sur des éléments de salaire pour autant qu'il ne s'agisse pas de remboursement de frais généraux, non compris dans le salaire déterminant.

en droit

1. La Cour de droit public du Tribunal cantonal a succédé le 1^er janvier 2011 au Tribunal administratif et traite les causes pendantes devant celui-ci (art. 47, 83 OJN).

Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.

2. a) Selon la jurisprudence, lorsqu'une caisse de compensation fixe le montant des cotisations paritaires par voie de décision, elle crée une obligation aussi bien à l'égard de l'employeur que du salarié (cf. les art. 4 et 5, ainsi que les art. 12 et 13 LAVS). Ces derniers sont touchés de la même manière par la décision, si bien que celle-ci doit être notifiée tant à l'employeur qu'au salarié. A cet égard, la jurisprudence a précisé que le droit d'être entendu des salariés concernés par une décision relative à des cotisations paritaires, et par conséquent, celui d'obtenir la notification d'une telle décision, doit, sous réserve d'exceptions admises pour des raisons pratiques, être respecté tant lorsque la qualification de l'activité des travailleurs est en cause que lorsque c'est la nature de certains versements qui est litigieuse. D'une manière générale, cette procédure doit être appliquée chaque fois que l'on est en présence d'une reprise de salaires déterminants. Lorsqu'il apparaît que le salarié doit être mis en mesure de recourir lui-même contre la décision de cotisations paritaires, c'est d'abord à la caisse de compensation qu'il incombe de lui notifier cette dernière. L'autorité de recours qui s'aperçoit de l'omission peut, mais ne doit pas nécessairement y remédier elle-même, en invitant le salarié intéressé à intervenir dans la procédure de recours. Des exceptions à cette règle sont toutefois admises, par exemple lorsque le nombre des salariés est élevé, quand le domicile des salariés se trouve à l'étranger ou n'est pas connu, ou encore lorsqu'il s'agit de montants de cotisations de minime importance (ATF 113 V 1; arrêt du TF du 21.09.2010 [9C_168/2010] et les références).

b) Il ne ressort pas du dossier de l'intimée que celle-ci aurait informé les salariés concernés, d'une manière ou d'une autre, de la décision de cotisations du 21 juin 2010 ou de sa décision sur opposition du 9 novembre 2010. Ces salariés habitent tous le canton, leur nombre n'est pas très élevé (quelques dizaines semble-t-il) et les cotisations en cause ne peuvent guère être considérées comme minimes. La question se pose ainsi de savoir si de ce fait déjà il existe en l'occurrence un motif de renvoyer la cause à l'intimée ou s'il y a lieu de corriger ce vice en permettant auxdits salariés d'intervenir dans la présente procédure devant la Cour de céans. Cette question peut cependant rester indécise, car le recours doit de toute façon être admis pour les raisons qui suivent.

3. a) Les caisses de compensation doivent contrôler périodiquement l'application des dispositions légales par les employeurs (art. 68 al. 2 LAVS; art. 162-163 RAVS). Si une caisse de compensation a connaissance du fait qu'une personne soumise à l'obligation de payer des cotisations n'a pas payé de cotisations ou n'en a payé que pour un montant inférieur à celui qui était dû, elle doit réclamer, au besoin par décision, le paiement des cotisations dues (art. 39 RAVS). Demeure réservé l'article 16 al. 1 LAVS, qui prévoit que les cotisations dont le montant n'a pas été fixé par voie de décision dans un délai de 5 ans à compter de la fin de l'année civile pour laquelle elles sont dues ne peuvent plus être exigées ni versées. Il s'agit d'un délai de péremption et non de prescription. Selon la jurisprudence, le délai est sauvegardé une fois pour toutes si la décision de cotisations intervient dans les 5 ans, ceci également lorsqu'elle est par la suite annulée et remplacée par une nouvelle décision, sur recours ou à l'occasion d'une reconsidération par l'administration; la nouvelle décision ne doit toutefois pas porter sur des cotisations plus élevées que celles réclamées dans le délai précité (arrêt du TF du 17.12.2002 [H 312/01] cons. 2.2 et la référence citée).

Ces exigences sont en l'espèce respectées, puisque les décisions du 21 juin 2010 concernent une reprise de cotisations pour les années 2006 à 2010.

b) Le salaire déterminant pour la perception des cotisations comprend toute rémunération pour un travail dépendant, fourni pour un temps déterminé ou indéterminé. Il englobe les allocations de renchérissement et autres suppléments de salaire, les commissions, les gratifications, les prestations en nature, les indemnités de vacances ou pour jours fériés et autres prestations analogues, ainsi que les pourboires, s'ils représentent un élément important de la rémunération du travail (art. 5 al. 2 LAVS). Font partie du salaire déterminant, par définition, toutes les sommes touchées par le salarié, si leur versement est économiquement lié au contrat de travail; peu importe, à cet égard, que les rapports de service soient maintenus ou aient été résiliés, que les prestations soient versées en vertu d'une obligation ou à titre bénévole. On considère donc comme revenu d'une activité salariée, soumise à cotisations, non seulement les rétributions versées pour un travail effectué, mais en principe toute indemnité ou prestation ayant une relation quelconque avec les rapports de service, dans la mesure où ces prestations ne sont pas franches de cotisations en vertu de prescriptions légales expressément formulées. Selon cette description du salaire déterminant, sont en principe soumis à cotisations tous les salaires liés à des rapports de travail ou de service qui n'auraient pas été perçus sans ces rapports. Inversement, l'obligation de payer des cotisations ne concerne en principe que les revenus qui ont effectivement été perçus par le travailleur (ATF 137 V 321 cons. 2.1, 133 V 556 cons. 4, 131 V 444 cons. 1.1, et les arrêts cités; arrêts du TF du 06.03.2009 [9C_824/2008], du 12.02.2010 [8C_465/2009]).

c) Selon la décision entreprise, les allocations loyer/chauffage mensuelles litigieuses "constituent un revenu en nature et doivent faire partie du salaire déterminant". Cela n'est pas exact en ce sens qu'il ne s'agit précisément pas d'un revenu en nature mais, au contraire, d'un versement en espèces de l'employeur s'ajoutant au salaire.

En outre, d'après les motifs de la décision de la caisse, il y aurait une inégalité de traitement (que cette décision serait apparemment censée corriger) entre collaborateurs bénéficiant d'un logement de fonction (c'est à dire logés dans une cure) et ceux qui louent eux-mêmes un appartement. Cependant, les caisses de compensation ont seulement à fixer le salaire déterminant pour les cotisations AVS et il ne leur appartient pas de se préoccuper, à travers la perception des cotisations, de l'égalité salariale entre les divers collaborateurs de l'employeur en cause; le mode de rétribution est l'affaire des parties aux rapports de travail.

Cela étant, le litige porte uniquement sur la question de savoir si et dans quelle mesure lesdites allocations sont ou non des éléments du salaire déterminant au sens de dispositions citées plus haut, ce qui présuppose qu'on en définisse clairement les caractéristiques et le montant. Il y a lieu à cet effet de se référer au rapport de révision, les décisions de la caisse étant peu explicites et motivées de manière peu pertinente, ainsi qu'aux explications de l'EREN dans son opposition et dans son recours.

4. a) Il semble que les loyers des collaborateurs logés dans les habitations mises à leur disposition par l'EREN (cures) ne soient pas en cause en l'espèce, dès lors que selon le réviseur de la caisse ce loyer est directement déduit par l'employeur du salaire à verser aux collaborateurs mais inclus dans le salaire déterminant pour les cotisations, annoncé par l'employeur. Il s'agit donc, dans ce cas, d'un salaire en nature, correctement pris en compte d'après la caisse et qui ne fait pas l'objet du litige.

b) Ces mêmes collaborateurs perçoivent cependant une participation à leurs frais de chauffage : selon un règlement pour le logement des ministres de l'EREN, et leur indemnisation pour frais de loyer et de chauffage, adopté par le conseil synodal le 7 janvier 1981, "dans les cures, ces frais de chauffage sont à la charge des locataires jusqu'à concurrence de 150 francs par mois; ce qui dépasse fait l'objet d'une subvention de 80 % de la part de la caisse centrale". D'après la recourante, le montant de 150 francs aurait été porté à 165 francs dès 1986, à 180 francs dès 2006, à 190 francs dès 2008 et à 200 francs dès 2009. Cela se justifierait, selon la recourante, par le fait que les frais de chauffage des cures, anciennes et mal isolées, seraient particulièrement élevés d'une part, et d'autre part en raison du fait que les logements des pasteurs leur servent également de bureaux où ils travaillent et déploient une partie de leurs activités de rencontre et de soutien aux paroissiens. Quoique cette argumentation ait déjà été soulevée dans l'opposition, la caisse ne s'est expliquée ni sur l'importance de ce montant mensuel (qui a évolué apparemment avec les années) ni sur l'argument desdits frais de bureau, dont le remboursement serait, selon l'EREN, motivé par l'absence de locaux de travail qu'un employeur met normalement à disposition.

c) Cette question concerne la notion de frais généraux déductibles du salaire déterminant pour l'AVS. Font partie du revenu provenant d'une activité dépendante toutes les rémunérations que l'assuré reçoit en vertu du rapport de travail, à moins qu'il ne s'agisse d'un dédommagement pour frais encourus (Greber/Duc/Scartazzini, Commentaire des articles 1 à 16 de la LAVS, 1997, p. 159). C'est ce que prévoyait expressément l'article 7 1^re phrase RAVS, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2008 et qui figure depuis lors à l'article 9 al. 1 2^e phrase RAVS qui dispose que le dédommagement pour frais encourus n'est pas compris dans le salaire déterminant. Selon l'article 9 al. 3 RAVS, supprimé avec effet au 1^er janvier 2009, les frais généraux peuvent être déduits du salaire déterminant s'il est prouvé qu'ils s'élèvent à au moins 10 % du salaire versé. Les frais décomptés séparément du salaire peuvent dans tous les cas être déduits (cf. RCC 1990, p. 41 cons. 3 in fine).

La jurisprudence (par exemple ATF 104 V 95 p. 97; RCC 1990, p. 41, 1989, p. 405; SVR 1996 AHV no 99, p. 303) et la doctrine (Greber/Duc/Scartazzini, op. cit, p. 174 ss) fournissent quelques indications sur ce qu'il faut entendre par frais généraux (ou "frais encourus") non compris dans le salaire déterminant. Il en ressort que l'existence de frais au sens des dispositions précitées, à exclure du salaire déterminant, n'est pas admise déjà du seul fait que ces frais sont causés à l'occasion de l'activité professionnelle, mais uniquement lorsque le salarié doit supporter un surcroît de dépenses en raison de cette activité, allant au-delà des dépenses usuelles couvertes normalement par le salaire.

Il n'est pas impossible qu'en raison de leur activité professionnelle particulière, qui comporte des tâches difficilement comparables avec les activités salariées habituelles, les collaborateurs de l'EREN supportent des frais résultant de leur activité à domicile qu'ils n'auraient pas s'ils n'avaient pas l'obligation de vivre à l'endroit où ils sont assignés et d'y exercer en partie leur travail, savoir dans le cas des pasteurs logés dans des immeubles propriété de l'EREN (cures) des frais de chauffage particulièrement élevés. Il se peut qu'un tel supplément de frais – le loyer lui-même n'étant par ailleurs pas en cause dans leur cas, comme exposé plus haut – qui leur est remboursé par l'allocation litigieuse, doive être qualifié de frais généraux exceptés de leur salaire déterminant. L'intimée n'ayant pas examiné cette question, elle ne peut pas être tranchée par la Cour de céans à ce stade, ce qui justifie un renvoi de la cause à l'intimée pour complément d'instruction sur ce point.

d) D'autres collaborateurs de l'EREN doivent se loger eux-mêmes en louant un appartement à leurs frais, si possible également "à proximité du quartier de ville" dans lequel ils exercent leur ministère (art. 1 du règlement du 07.01.1981). Ledit règlement prévoit que "dans les appartements privés, les frais de loyer et de chauffage sont à la charge des locataires jusqu'à concurrence de 550 francs par mois; ce qui dépasse fait l'objet d'une subvention de 80 % de la part de la caisse centrale, mais au maximum 4'200 francs par an". Selon la recourante, le montant de 550 francs a été adapté à l'évolution des loyers des logements de fonction. Dès lors, dans le cas de ces collaborateurs, l'allocation litigieuse couvre à la fois une part de loyer et une part de frais de chauffage. Dans cette situation aussi, il est plausible que dite allocation vise à indemniser les collaborateurs pour le surplus de charges qui leur incombe en raison de l'activité professionnelle à domicile, et qu'il appartient à la caisse, le cas échéant, de fixer.

5. La recourante invoque les décisions prises naguère – mais modifiées récemment, à la suite de la décision ici litigieuse de la caisse de compensation – par l'administration des contributions au sujet de l'imposition, auprès des salariés concernés, des allocations en cause. En principe, selon une jurisprudence du Tribunal fédéral des assurances (RCC 1990, p. 41 cons. 6 in fine), la reconnaissance ou la non-reconnaissance de la déductibilité des revenus par les organes fiscaux ne lie pas les organes de l'AVS. Mais l'appréciation de l'autorité fiscale constitue un indice important pour la détermination du revenu soumis à cotisations AVS (cf. à cet égard aussi Kieser, Alters-und Hinterlassenenversicherung, in : Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, soziale Sicherheit, p. 38 ch. marginal 50 in fine et SVR 1996 AHV no 99, p. 304 let. b). Sur ce point non plus, la caisse intimée ne s'est pas exprimée. Compte tenu aussi de la relative complexité des évaluations à faire, la prise en considération par elle, dans le cadre du complément d'instruction qu'elle fera, de la manière dont le fisc a réglé la question peut être judicieuse.

6. La recourante fait valoir que l'intimée ne peut pas lui réclamer des cotisations supplémentaires avec effet rétroactif alors qu'elle avait admis jusqu'à présent sa manière de calculer le salaire déterminant et en particulier le fait de ne pas y inclure les allocations loyer/chauffage litigieuses, invoquant la bonne foi et le principe de la confiance.

Selon la jurisprudence, pour être compatible avec les articles 8 et 9 Cst., un changement de pratique administrative doit reposer sur des motifs sérieux et objectifs, c'est-à-dire rétablir une pratique conforme au droit, mieux tenir compte des divers intérêts en présence ou d'une connaissance plus approfondie des intentions du législateur, d'un changement de circonstances extérieures, de l'évolution des conceptions juridiques ou des mœurs. Les motifs doivent être d'autant plus sérieux que la pratique suivie jusqu'ici est ancienne. A défaut, elle doit être maintenue (ATF 135 I 79 cons. 3, p. 82; 132 III 770 cons. 4, p. 777; 127 I 49 cons. 3c, p. 52; 127 II 289 cons. 3a, p. 292 s. et les références citées).

La reprise de cotisations en application de l'article 39 RAVS, dans les limites du délai de péremption de l'article 16 al. 1 LAVS (cf. cons. 3a ci-dessus), constitue par définition une décision "rétroactive". Elle serait lettre morte si des cotisations ne pouvaient être perçues que pour l'avenir. La cause (négligence, appréciation inexacte, intention) de la non-inclusion d'éléments de rémunération dans le salaire déterminant annoncé ne peut pas être décisive à cet égard. Dès lors, si des cotisations n'ont pas été perçues sur des éléments de salaire dont la qualification se révèle par la suite erronée, le changement de pratique et la reprise de cotisations reposent sur des motifs sérieux et objectifs.

Toutefois, le principe de la bonne foi et de sa protection est applicable à toute l'activité de l'administration et peut conduire, en matière de perception de cotisations aussi, à exiger que l'autorité respecte ses promesses et qu'elle évite de se contredire. Ainsi, un renseignement ou une décision erronés peuvent obliger l'administration à consentir à un administré un avantage contraire à la loi si les conditions cumulatives suivantes sont réunies : il faut que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées; qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de sa compétence; que l'administré n'ait pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu; qu'il se soit fondé sur celui-ci pour prendre des dispositions qu'il ne saurait modifier sans subir un préjudice; que la loi n'ait pas changé depuis le moment où le renseignement a été donné (ATF 131 II 627 p. 636 cons. 6.1, 170 cons. 4.1., 126 II 377 p. 387 cons. 3a, 122 II 113 p. 123 cons. 3b/cc, 121 V 65 p. 66 cons. 2a; RAMA 2000 no KV 126, p. 223).

En l'espèce, la recourante a cotisé naguère en se fiant à l'assurance – implicite ou expresse – de la caisse selon laquelle le fait de ne pas inclure les allocations en cause était correct, car ces allocations n'étaient pas occultes mais résultaient des fiches de paie des salariés et des comptes, et semblent avoir été qualifiées par la caisse elle-même d'indemnités "de déplacement" (ou traitées comme telles par analogie), selon une note du 23 septembre 1984 produite par la recourante. Cela permet de retenir qu'elle est de bonne foi et que les conditions susmentionnées sont remplies sous réserve toutefois de l'exigence d'avoir pris des dispositions qu'elle ne saurait modifier sans subir un préjudice. En effet, en principe, une reprise de cotisations sur des éléments de salaire ne créée pas un préjudice que l'employeur aurait pu éviter en prenant d'autres dispositions, car il s'agit pour la caisse de percevoir les cotisations qui étaient dues et qui auraient été payées en temps utile si les éléments de la rémunération visés avaient été inclus dans le salaire déterminant. Le paiement ultérieur rétablit une situation conforme à la réglementation légale, et d'ailleurs seulement dans les limites du délai de péremption prévu par l'article 16 al. 1 LAVS. Cependant, il s'agit de cotisations paritaires, dues certes par l'employeur mais faisant normalement l'objet de retenues sur les salaires versés. Pour admettre l'existence de dispositions préjudiciables pour elle, il faudrait que la recourante établisse qu'elle n'est pas en mesure d'obtenir des salariés concernés la prise en charge de la part de cotisations qu'elle n'avait le cas échéant, à tort, pas retenues durant la période considérée. Ce point ne peut pas être tranché en l'état; il convient de réserver une telle éventualité, que l'intimée pourrait être amenée à examiner, s'il y a lieu, avant de statuer à nouveau.

7. Cela étant, vu l'issue de la présente procédure, il n'est pas nécessaire d'examiner ici si et dans quelle mesure le grief de la recourante, selon lequel la caisse aurait compté à double certains montants, est ou non pertinent. Une telle vérification ne peut d'ailleurs pas être faite par cette Cour sans que l'intimée ne s'exprime à ce sujet, ce qu'elle n'a pas jugé utile de faire, à supposer même qu'il soit possible de tirer des conclusions fiables des listes de salaires qu'elle a produites, ce qui est douteux. Cela justifie d'autant plus le renvoi de la cause à l'intimée.

8. Le recours se révèle ainsi fondé au sens de ce qui précède, sans qu'il y ait lieu de procéder à l'administration de preuves par témoins ou interrogatoires proposée par la recourante.

La procédure est gratuite et vu l'issue du litige la recourante a droit à des dépens. Le mandataire a produit un mémoire le 21 février 2012, indiquant le montant de 7'935.70 francs à titre d'honoraires (7'270 francs), débours (105 francs) et TVA. Les honoraires ont été calculés selon le tarif recommandé par l'OAN (265.-/h) pour un total de 27 h 15. L'application de ce tarif peut être admise en l'espèce. Il en va de même du nombre d'heures de travail allégué qui, quoique élevé, s'explique par la complexité des éléments de fait déterminants de la cause et le manque de clarté du dossier constitué par la caisse. Il y a lieu dès lors de fixer les dépens sur la base du mémoire présenté.