CACI 2015/99

A.

Par jugement du 27 août 2014, adressé pour notification le 16 décembre 2014, la Cour civile du Tribunal cantonal a rejeté les conclusions prises par le demandeur E.________ contre la défenderesse V.________, selon demande du 20 août 2010 (I), arrêté les frais de justice à un montant de 13'139 fr. 70 pour le demandeur et 24'724 fr. 90 pour la défenderesse (II) et dit que le demandeur versera à la défenderesse le montant de 50'974 fr. 90 à titre de dépens (III).

En droit, les premiers juges ont retenu, sur la base notamment de la convention du 22 septembre 1999, que les parties avaient constitué une société simple au sens des art. 530 ss CO (Code des obligations du 31 mars 1911, RS 220), en unissant leurs efforts et leurs ressources en vue d'atteindre leur but commun, soit la création et le fonctionnement du [...] (ci-après : [...]). S'agissant des frais d'un montant de 649'984 fr. 55 relatifs aux travaux effectués à l'avenue [...] [...] à [...], ils ont considéré que les parties étaient implicitement convenues qu'il serait à la charge du demandeur. Ils ont constaté qu'aucun document relatif au remboursement ultérieur total ou partiel ni aucune demande de participation adressée à la défenderesse n'avait été allégué ou établi. En outre, si le financement des salaires, de l'équipement, du matériel et des travaux des immeubles sis à l'avenue [...] [...] et la rue [...] [...] à [...] était réglé par la convention du 22 septembre 1999, tel n'était en revanche pas le cas pour ce qui concernait les travaux litigieux. Considérant ainsi qu'il ressortait des éléments du dossier que, dès le début des discussions entre les parties, celles-ci étaient convenues que le coût des travaux de transformation serait entièrement supporté par le [...] – plus précisément à la charge du département d'[...] au vu de l'urgence des travaux et des ressources à disposition –, les premiers juges ont rejeté les conclusions du demandeur en paiement du montant précité.

B.

Par appel interjeté le 2 février 2015, E.________ a conclu, avec suite de frais et dépens, tant de première que de seconde instances, à la réforme du jugement, en ce sens qu'V.________ est sa débitrice de la somme de 577'739 fr. 84, avec intérêt à 5 %, l'an dès le 23 février 2006, subsidiairement qu'V.________ est sa débitrice de la somme de 288'869 fr. 90, avec intérêt à 5 %, l'an dès le 23 février 2006 et plus subsidiairement à l'annulation et au renvoi de la cause afin de compléter et corriger l'état de fait du jugement querellé.

C.

La Cour d'appel civile retient les faits suivants, sur la base du jugement complété par les pièces du dossier :

1. V.________ (ci-après : défenderesse), anciennement [...] SA, exploite une clinique à l’avenue [...], où elle a son siège.

2. En 1999, le [...] (ci-après : [...]) et E.________ (ci-après : demanderesse) ont décidé de collaborer. Le 22 septembre 1999, ils ont signé une "convention de collaboration", dont le contenu est le suivant :

Il est admis que lorsqu’il est fait état des travaux de transformation du "bâtiment principal" au chiffre 7 de la convention, cela concerne le bâtiment sis avenue [...].

Pendant plusieurs années, le [...] a fonctionné avec les laboratoires à l’avenue [...]; les consultations médicales avaient lieu à l’avenue [...] qui comprenait aussi une réception.

3. La collaboration entre les parties s’est déroulée et les parties ont été rémunérées conformément aux termes de la convention. La défenderesse n’a obtenu aucune participation directe au chiffre d’affaires du [...] et le demandeur a obtenu l’entier du chiffre d’affaires réalisé.

Les risques financiers durant les premières années étaient à la charge du demandeur, vu le personnel médical qu’il mettait à disposition. Les risques de la défenderesse étaient en revanche bien moindres, s’agissant simplement de locaux et de frais administratifs. Ce déséquilibre avait été voulu et admis par les parties.

Le [...] a fonctionné comme un service du [...], plus particulièrement du Département de [...] du [...] (ci-après : [...]), auquel la défenderesse fournissait diverses prestations en vue de son succès. Il devait autofinancer son activité.

Sous réserve des assistantes médicales, le personnel du [...] était contractuellement lié au demandeur. Les médecins délégués au [...] étaient couverts par l’assurance responsabilité civile conclue par le demandeur.

4. La défenderesse a allégué que, dans un esprit de collaboration et de transparence entre le [...] et la défenderesse ainsi qu'au vu de la progression du nombre de cas traités au [...], il avait été convenu que des locaux plus à même de répondre à ces critères, de même qu’aux exigences de l’accréditation ISO 17025 du laboratoire de Biologie de la Reproduction, étaient souhaités. Entendu à ce propos par le Juge instructeur de la Cour civile du Tribunal cantonal le 21 juin 2012, le Pr L.________ a confirmé cet élément. Quant au témoin [...], il a indiqué que le Pr L.________ lui avait demandé si la clinique disposait de locaux plus grands pour installer les laboratoires du [...]. Enfin, le témoin [...], directeur du [...] puis des hospices cantonaux, a, pour sa part, relevé que les travaux avaient été faits à la demande du Pr L.________, qui voulait améliorer les conditions de travail du laboratoire.

La défenderesse a cherché en vain dans son bâtiment principal ainsi que dans ses annexes des locaux qui correspondaient aux critères requis. Elle a trouvé des locaux sis avenue [...], d’emblée dans l’intention de les sous-louer au [...].

Par courrier du 10 janvier 2003, le [...], par le Pr L.________, professeur associé, a écrit notamment ce qui suit à la défenderesse :

"(…)

Comme nous en avions discuté récemment, les transformations prévues au rez-de-chaussée de la Clinique [...] font que le laboratoire du [...] doit être transféré dans un endroit correspondant aux critères d’accréditation et de convenance pour les patients et pour l’équipe du [...].

Le cabinet d’environ 90m2 au rez-de-chaussée de l’immeuble avenue [...] sera libre dès le 1er avril 2003. Il est actuellement occupé par Monsieur [...], prothésiste.

Nous avions convenu que la Clinique [...] pourrait reprendre le bail de ces locaux, gérés par la régie [...] Sa, rue [...], CP [...] [...].

En date du 10 janvier 2003, les Docteurs [...], [...] et moi-même avons rencontré dans ces locaux Monsieur [...] (…). Les locaux seraient loués en l’état et les travaux de modification seraient à la charge du [...].

(…)

(…) le loyer actuel (…) correspond au prix du marché et (…) nous ne serions pas disponibles à priori à augmenter ces coûts, d’autant plus que les transformations seraient entièrement à la charge du [...].

(…)."

La défenderesse a allégué que, dès le début des discussions entre les parties, il était expressément convenu entre elles que le coût des travaux de transformation serait entièrement supporté par le [...] de l'[...] du [...], qu'elle avait toujours clairement exprimé son refus d'assumer une quelconque charge financière en lien avec la création du nouveau laboratoire et que, lors des discussions, il n'avait jamais été question que le demandeur obtienne de la défenderesse une indemnité complémentaire. Entendu à ce sujet, le Pr L.________ a confirmé cet élément. Il en va de même du témoin [...], lequel a ajouté que les travaux avaient été faits à la demande du Pr L.________ qui voulait améliorer les conditions de travail du laboratoire et a indiqué qu’il n’avait pas eu à demander l’accord de la direction zurichoise d’[...], car il était convenu que le [...] devait financer ces travaux. Le témoin [...] a relevé qu’il n’avait jamais été envisagé que le coût soit supporté par la Clinique [...]. Enfin, tant le Pr L.________ que [...], administrateur du [...] depuis 2005, ont confirmé qu'il n'avait jamais été question que le demandeur obtienne de la défenderesse une indemnité complémentaire.

Le 22 janvier 2003, la défenderesse a adressé un courrier à la régie [...] SA, avec copie au Pr L.________, dont il ressort notamment ce qui suit :

"(…)

Suite à votre rencontre du 10 courant avec les Docteurs [...], [...] et L.________ dans le local susmentionné, nous vous confirmons que la Clinique [...] désire reprendre le bail à loyer du cabinet sis à l’av. [...] au 1er avril 2003 aux conditions suivantes :

• Sous-location au [...] ([...]) avec lequel la Clinique [...] collabore.

• Les locaux seront sous-loués en l’état et les travaux de rénovation/transformation seront à la charge du [...].

• Le loyer actuel de Fr. 1867.- + charges reste inchangé, aucune augmentation n’est prévue compte tenu du fait que les transformations sont à la charge du sous-locataire.

(…)."

Le 4 mars 2003, la défenderesse a signé un contrat de bail à loyer relatif au rez-de-chaussée de l’immeuble situé avenue [...] avec le propriétaire de l’immeuble. Ce contrat mentionne notamment que le bail est à l’usage du laboratoire médical [...]. Les clauses particulières annexées au contrat pour en faire partie intégrante précisent que le locataire a l’autorisation de sous-louer les locaux au [...] pour une durée indéterminée (art. 14), qu’il peut exécuter des modifications dans les locaux concernés sous son entière responsabilité, tous frais à sa charge et sous réserve de l’autorisation préalable du bailleur (art. 14 [sic]), mais que son attention est d’ores et déjà attirée sur le fait que tous les travaux d’embellissement, de modification des locaux ainsi que toute amélioration des installations existantes ne peuvent pas faire l’objet d’une indemnisation ultérieure du bailleur et qu’il s’engage à remettre les installations faisant partie intégrante de l’immeuble en état lors de son départ (art. 15).

Le 15 mai 2003, la gérance a confirmé son accord de principe à la défenderesse pour les transformations souhaitées des locaux loués à l’avenue [...].

5. En été 2003, les travaux permettant de créer le nouveau laboratoire ont commencé; certains d’entre eux se sont poursuivis jusqu’en été 2004.

Le maître d’œuvre des travaux était le [...]; ceux-ci ont été approuvés par le [...] (Pr [...], chef du [...] et Directeur médical du [...]) et leur gestion a été déléguée au Pr L.________, mais c’est la défenderesse qui a piloté et suivi ces travaux, par le biais de [...]. La défenderesse en a aussi géré les aspects comptables et a réglé les factures avec l’argent du [...] du [...] transféré à cet effet.

Il a été convenu dès le début des travaux que, étant donné que la défenderesse assurait le suivi et le bon déroulement du chantier, le [...] réglerait en contrepartie, les diverses factures des travaux sur les fonds du [...], sous réserve de décompte. Cette situation était également liée à l’urgence des transformations, aux ressources à disposition et à la proximité géographique de la défenderesse.

Par courrier du 27 mai 2003, le demandeur, par le Pr [...], a confirmé que les factures relatives aux travaux seraient signées par le Pr L.________ en qualité de représentant du [...]. Il a également indiqué ce qui suit :

"(…)

Vous trouverez ci-joint le contrat relatif aux prestations de l’architecte (…) dûment signé par moi-même et par le Professeur

Il pourra bien entendu en être de même des futurs documents contractuels relatifs à ces travaux, comme vous le souhaitez.

De plus, je désigne le Professeur L.________ comme étant la personne habilitée à signer, au nom du [...], les documents relatifs à ces transformations.

Des arrhes ont déjà été payées au bureau d’architecte.

Un premier acompte de Frs 50'000.- sera cependant, selon votre requête, versé d’ici mi-juin sur le compte Clinique [...] SA (…). "

Le 1er septembre 2003, la défenderesse a demandé deux acomptes d’un montant total de 400'000 fr. au demandeur afin de procéder au paiement des factures relatives aux travaux en cours.

Le 2 décembre 2003, la défenderesse a demandé un acompte de 100'000 francs au demandeur.

Le 9 septembre 2004, la défenderesse a adressé au demandeur, représenté par le Pr L.________, un courrier intitulé "Décompte des travaux", dont il ressort notamment ce qui suit :

"(…)

Pour faire suite à votre demande du 13 août dernier, veuillez trouver ci-joint les décomptes des travaux de ...][...] et de ...][...], ainsi qu’une copie de toutes les factures.

Le montant total des factures pour ...][...] s’élève à Fr. 649'984.55 et pour ...][...] à Fr. 3'311.27. La somme de vos versements durant les années 2003 et 2004 est de Fr. 650'000.-, le montant en notre faveur se monte donc à Fr. 3'295.80, montant que vous voudrez bien nous régler au moyen du bulletin de versement annexé.

(…)."

Le total des travaux d’aménagement des locaux et laboratoire à l’avenue ...][...] s’est élevé à 649'984 fr. 55. Le [...] a payé l’ensemble de ces factures pour un montant de 650'000 francs.

6. Le Pr L.________, alors contractuellement lié au demandeur, était en charge du [...] créé en 1999 par les parties et également médecinchef. Il avait la qualité pour engager le demandeur dans la limite de ses compétences.

Par courrier du 24 février 2005, désirant exercer son activité clinique à titre privé exclusivement, il a adressé au [...] sa démission de ses fonctions de médecin-chef auprès du [...] ainsi que pour son travail au sein de l’Unité de [...] (ci-après : [...]) dépendante du [...], avec effet au 31 août 2005.

Par courrier du 11 mars 2005 adressé à la défenderesse, le [...] a écrit notamment ce qui suit :

"(…)

A l’évidence, la décision du Professeur L.________ ne permettra plus aux parties signataires d’honorer la convention. Celle-ci est arrivée à échéance le 30 septembre 2003 (article 1). N’ayant pas été dénoncée, elle était renouvelable tacitement, une nouvelle durée de quatre ans échéant le 30 septembre 2007.

Il nous est apparu à tous deux inutile, dans ces conditions, de prolonger artificiellement une convention qui repose avant tout sur les personnes en place et que l’on pouvait admettre de part et d’autre une dénonciation anticipée pour le 31 août 2005.

Par la présente, je vous fais part officiellement de ma demande de résiliation de la convention Clinique [...] – Hospices/[...] du 22 septembre 1999 relative à la PMA avec effet au 31 août 2005. A cette date, les deux parties seront libérées de toutes leurs obligations y relatives, sous réserve des décomptes mentionnés au chiffre 7.

(…)."

Par courrier du 29 avril 2005, la défenderesse a accepté la résiliation de la convention pour le 31 août 2005.

7. Le 30 juin 2005, la société ...][...] SA a été inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud, avec pour buts les prestations médicales et médico-techniques dans le domaine de la médecine et de la biologie de la reproduction, l’endocrinologie gynécologique et l’andrologie. Le siège de la société est à l'avenue ...][...] à ...][...] et son administrateurprésident et administrateur délégué est le Pr L.________.

8. Le 21 juillet 2005, ...][...] SA, le propriétaire des locaux situés avenue ...][...] et la défenderesse ont signé un avenant au contrat de bail du 4 mars 2003, par lequel le bail à loyer a été cédé par la défenderesse en faveur de ...][...] SA dès le 1er août 2005. La défenderesse a négocié de manière individuelle le transfert de ce bail avec ...][...] SA.

La défenderesse n’a pas exigé de ...][...] SA une reprise pour les travaux de transformation qui y ont été réalisés, ce qu’elle a confirmé au [...] par écrit.

9. Dès le mois de juin 2005 et jusqu’à la fin de l’année 2005, des négociations ont été conduites entre le [...] et la nouvelle société s’agissant de la question de la reprise du matériel et des travaux de transformation entrepris dans les locaux de l’avenue ...][...]. Les négociations se sont poursuivies durant les mois de juillet et août 2005, la question du financement des travaux étant chaque fois rappelée.

Le 29 juillet 2005, le demandeur a adressé par courriel au [...] SA la liste définitive du matériel technique à transférer et a rappelé que le récapitulatif des travaux était déjà en possession de cette dernière.

Par courriel du 18 août 2005, le [...] a proposé à ...][...] SA un transfert pour un total de 685'000 fr., dont une valeur de reprise des travaux ...]de l’avenue [...] et de la rue ...][...] de 501'000 francs. Le 22 août 2015, ...][...] SA a contesté ce chiffre, offrant pour les travaux la somme de 100'000 francs.

Les négociations n’ont pas abouti, ...][...] SA soutenant que les travaux avaient été incorporés dans les locaux et appartenaient en conséquence à leur propriétaire, et qu’il était loisible au demandeur de lui réclamer une indemnité conformément à l’art. 260a al. 3 CO. Elle a maintenu son offre de 100'000 fr. pour solde de tout compte.

10. Le 31 août 2005, la convention de collaboration entre le demandeur et la défenderesse est arrivée à échéance.

11. Par courriel du 12 janvier 2006, le [...] s’est renseigné auprès de la défenderesse sur les modalités de transfert du bail en indiquant notamment ce qui suit :

"(…)

Dans le cadre de la reprise des activités du ...][...] SA par le Professeur L.________, les Hospices/[...] ont engagé avec ladite société une négociation, portant sur les travaux dans les locaux sis à l’avenue ...][...]. Ces travaux ont été entièrement financés par notre institution.

Afin de pouvoir nous déterminer en toute connaissance de cause, nous vous saurions gré de nous renseigner sur les modalités de transfert du bail à ...][...] SA et sur la position de ...][...] SA par rapport aux travaux intervenus dans ces locaux, et notamment sur une indemnisation de la plus-value apportée à ces derniers.

(…)."

Par courriel du 13 janvier 2006, la défenderesse a confirmé au demandeur que le bail avait été transféré à ...][...] SA avec effet au 1er août 2005, aux mêmes conditions que celles qui valaient précédemment. Elle a en outre notamment précisé ce qui suit :

"(…)

Les travaux ont en effet été financés entièrement par le [...]. La Clinique [...] a participé à bien plaire à la direction des travaux sous la direction des médecins concernés.

Les travaux ont été autorisés par ...][...] selon les articles 14 et 15 des clauses particulières qui disent en substance : " les travaux sont sous responsabilité et à charge du locataire……aucune indemnisation ultérieure du bailleur………le locataire s’engage à remettre en état, lors de son départ, les revêtements ou installations faisant partie intégrante de l’immeuble (murs, plafonds, sols, etc…)"

De ce fait, aucune indemnisation n’a été accordée, ni même négociée. (…)."

Le demandeur n'a pas obtenu de la part de ...][...] SA une indemnité pour la valeur des travaux de rénovation du nouveau laboratoire. Le demandeur et ...][...] SA ont en revanche conclu un accord sur le transfert matériel technique du [...] à ...][...] SA pour plusieurs centaines de milliers de francs. Les termes de cet accord ont été exécutés par chacune des parties.

12. Par courrier du 23 février 2006 adressé à la défenderesse, le [...] a notamment écrit ce qui suit :

"(…)

La convention de collaboration signée entre le Centre Hospitalier Universitaire [...] et la Clinique [...] le 22 septembre 1999 concernant le [...] ([...]) a donc trouvé son terme le 31 août 2005.

Il y a lieu maintenant d’établir le décompte final, au sens en particulier de l’article 7 de dite convention.

L’article 7, alinéa 4, stipule que le [...] finance les investissements en équipements (meubles, salle de consultation), en microinformatique, de même que le matériel (papeterie, petit matériel médical matériel et consommables de laboratoire, etc.) nécessaires au fonctionnement du [...] à ...][...] et au laboratoire.

En revanche, la Clinique [...], selon l’article 7, alinéa 6, prend à sa charge les travaux de transformation du bâtiment principal où se trouvait donc le laboratoire aujourd’hui objet du présent courrier.

L’esprit de la convention était ainsi clair : le [...], qui n’était pas dans ses meubles, finançait le mobilier et le petit matériel ; en revanche, c’était la Clinique [...] qui prenait à sa charge les travaux de transformation du bâtiment principal, pour y loger en particulier le laboratoire.

Pour donner suite au vœu de la Clinique [...] désirant récupérer les espaces affectés au laboratoire, il a été décidé de transférer le laboratoire dans de nouveaux locaux, à l’Avenue ...][...].

A l’évidence, la lettre et l’esprit de l’article 7 de la convention conduisaient à faire prendre en charge les travaux par la Clinique [...], de surcroît à l’origine de ce déménagement.

Jusqu’à ce jour, l’entier des coûts des travaux pour l’aménagement et le transfert du laboratoire dans l’immeuble sis Avenue ...][...], s’élevant à fr. 649'984.55, a été pris en charge, provisoirement, par le [...] (…).

En conséquence, il y a lieu aujourd’hui que la Clinique [...] verse au [...] la somme susdite, étant admis qu’un amortissement raisonnable peut et doit être pris en considération, pour une période qui peut être estimée à vingt mois, soit pour la période entre le 1er janvier 2004 et le 31 août 2005.

(…)."

Par courrier du 20 mars 2006, la défenderesse a refusé d’entrer en matière.

Par courrier du 12 juin 2006, le conseil du demandeur a écrit à la défenderesse notamment ce qui suit :

"(…)

1. Le litige porte plus particulièrement sur l’article 7 alinéa 6 de la convention. Selon la lecture qu’en fait logiquement et objectivement mon mandant, cette disposition signifie que la Clinique [...] prenait à sa charge les travaux de transformation pour loger le laboratoire du [...]. De votre côté, vous considérez que cela ne pouvait avoir pour conséquence que des travaux effectués sur un autre bâtiment que le bâtiment principal ne soient pas à votre charge.

Cette position ne résiste naturellement pas à l’analyse car, ainsi que cela résulte indubitablement de l’ensemble du dossier, c’est à la suite de la volonté unilatérale de la Clinique [...] d’utiliser les locaux dans lequel se trouvait le laboratoire du [...] que celui-ci a dû déménager, à grands frais, à l’avenue ...][...]. Le bail de ces nouveaux locaux a d’ailleurs été souscrit par la Clinique [...] et non par le [...].

Il est ainsi faux et contraire aux faits de soutenir que seuls les travaux dans vos murs auraient été à votre charge.

(…)

4. La convention de collaboration est, à l’évidence, un contrat de société simple entre le [...] et la Clinique [...], au sens des articles 530 et suivants du Code des obligations. Aucune clause contraire n’ayant été adoptée lors de sa signature, la liquidation en fin de société des actifs et passifs se fait à parts égales entre les associés, conformément aux articles 533 et 539 du Code des obligations.

En d’autres termes, et à supposer - ce qui est contesté par mon mandant - que l’entier des montants réclamés ci-dessus ne doivent pas être pris en charge par la Clinique [...], à tout le moins y aura-t-il lieu à une liquidation finale des comptes sur les bases des principes juridiques précités.

En l’état, il y a donc lieu de régler comptes pour prendre en considération les avances du [...] à hauteur de fr. 649'984.55, étant cependant admis qu’il y a lieu de prévoir un amortissement pour la période courant du 1er janvier 2004 au 31 août 2005, soit vingt mois, à négocier.

(…)."

13. Par courriers des 13 novembre 2007, 12 décembre 2008 et 9 décembre 2009, la défenderesse a renoncé à se prévaloir de la prescription et ce, jusqu’au 31 décembre 2010.

14. Par demande du 20 août 2010, E.________ a pris, contre Clinique [...] SA, avec suite de frais et dépens, les conclusions suivantes:

« I. La défenderesse est la débitrice du demandeur de la somme de fr. 649'984.55 (six cent quarante-neuf mille neuf cent huitantequatre francs et cinquante-cinq centimes), avec intérêt à 5% l’an dès le 23 février 2006 ».

Par réponse du 10 janvier 2011, la défenderesse Clinique [...] SA a conclu, sous suite de frais et dépens, au rejet des conclusions de la demande. Elle a également fait valoir la compensation entre le montant auquel elle avait droit sur le chiffre d’affaires du [...] et toute créance que le demandeur posséderait à son encontre et a soulevé l’exception de prescription.

Par courrier du 25 octobre 2012, la défenderesse a informé le Juge instructeur de la Cour civile que, conformément à un contrat de fusion du 9 juillet 2012, Clinique [...] SA, renommée V.________, avait repris l’ensemble des actifs et passifs de Clinique [...] SA, et qu’il y avait dès lors lieu de modifier le nom de la défenderesse Clinique [...] SA en V.________.

15. En cours d'instruction, une expertise a été confiée à [...] société fiduciaire, à [...], qui a déposé son rapport le 29 avril 2013.

L’expert confirme que les revenus indiqués sur les décomptes trimestriels ont été versés par la défenderesse et encaissés par le [...] pour la période du troisième trimestre 2000 – soit dès que les résultats sont devenus positifs - au 30 août 2005, sans entrer dans un compte commun aux parties. La défenderesse a transféré l’intégralité des produits et facturé ses charges directes sur la base de tarifs déterminés au préalable par la convention. Elle n’a pris aucune part aux bénéfices et aux risques liés à l’activité du [...]. Les risques et les produits ont été intégralement transférés au [...].

Selon l’expert, le projet de procréation médicalement assistée a été capable de s’autofinancer durant l’exercice comptable 1999. Les décomptes établis par la défenderesse, qui présentaient une perte, ont fait l’objet d’un remboursement dudit montant de la part du [...]. Les décomptes relatifs à la période du mois de septembre 1999 au mois d’août 2005 présentent un montant total net versé, après déduction des frais administratifs, des loyers et du salaire du personnel de la défenderesse, de 6'293'992 francs.

S’agissant des travaux de rénovation, les résultats du [...] permettaient largement de couvrir les investissements et dits travaux à hauteur de 649'984 fr. 55. L’investissement principal concerne essentiellement des travaux d’aménagement des locaux et n’est pas uniquement lié à des appareils de ventilation et de purification d’air.

L’expert estime qu’il y a lieu de tenir compte d’un amortissement des installations. Il précise que l’ordonnance sur le calcul des coûts et le classement des prestations par les hôpitaux, les maisons de naissance et les établissements médicaux sociaux dans l’assurance maladie (OCP) du 3 juillet 2002 prescrit des amortissements annuels. Ne s’agissant pas de matériel médical, l’investissement devrait être amorti sur une durée de vingt ans, hormis le mobilier qui aurait dû être déprécié sur dix ans, ce qui ne représente pas un taux d’amortissement élevé. Compte tenu de l’utilisation des nouveaux locaux depuis le mois de septembre 2003, les amortissements pour la période du mois de septembre 2003 au mois d’août 2005 s’élèvent à 72'243 fr. 90. La valeur résiduelle à la fin du mois d’août 2005 est de 577'739 fr. 84.

Concernant le loyer du nouveau laboratoire, l’expert confirme que la défenderesse a refacturé ce loyer au prix demandé par le propriétaire et n’a donc pas obtenu de bénéfice sur la base du loyer facturé.