Taxe sur la valeur ajoutée

1.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celuici, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).

En l'occurrence, le mémoire de recours du… a été déposé en temps utile par le destinataire de la décision attaquée (cf. art. 48 al. 1 et 50 al. 1 PA). En outre, un examen préliminaire du recours révèle qu'il remplit les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52 PA, de sorte que le recours est recevable, sous réserve des considérations ci-dessous (cf. consid. 1.2).

1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans, il sied d'observer ce qui suit.

1.2.1 Selon la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), dont le droit de procédure est applicable dès son entrée en vigueur à tous les cas pendants (cf. consid. 1.3 ciaprès), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les trente jours qui suivent leur notification. Il en résulte que l'assujetti a droit, normalement, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet (la seconde étant soumise à des exigences de forme plus élevées), du moins s'il dépose une réclamation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.1, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 3.3.2, A- 1601/2006 du 4 mars 2010 consid. 5.1.2).

En l'occurrence, l'AFC a adressé une notification d'estimation à la recourante le…. Elle a qualifié cet acte de décision et a indiqué que la recourante bénéficiait de trente jours pour formuler une réclamation. Celle-ci a ainsi contesté la décision par courrier du.... L'acte attaqué a été rendu sur cette base le… et l'AFC l'a qualifié de décision sur réclamation.

Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, une notification d'estimation, en tant que telle, ne constitue pas une décision. En temps normal, le procédé utilisé par l'AFC n'est donc pas conforme à la LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4 [pas définitif]).

Il s'ensuit que le courrier de la recourante du… ne constitue pas une réclamation au sens de l'art. 83 LTVA, mais bien une demande de première décision au fond (cf. art. 82 al. 1 let. c) et, partant, l'on ne saurait qualifier de "décision sur réclamation" la décision de l'AFC du…. Il en résulte que la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans n'est en principe pas donnée.

1.2.2 Toutefois, l'acte en cause, qui représente indéniablement une décision au sens de l'art. 5 PA est motivé en détail. Attendu que la recourante l'a déférée directement et sans réserve au Tribunal administratif fédéral, on peut en déduire qu'elle a accepté, à tout le moins implicitement, d'avoir été privée d'une procédure de réclamation en bonne et due forme et qu'elle consent à ce que son recours soit traité comme un recours "omisso medio", par application analogique de l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 précité consid. 1.2.3, A-1017/2012 du 18 septembre 2012 consid. 1.2.3, A- 6740/2011 du 6 juin 2012 consid. 1.1.4, A-5798/2011 du 29 mai 2012 consid. 1.3 et A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.3). Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent pour connaître du présent litige.

1.3 La loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.

1.3.1 Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA).

Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du…, la présente cause tombe matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures) et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux en vigueur depuis le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. également art. 93 et 94 aLTVA).

1.3.2 Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 1.2, A-4136/2009 du 18 mars 2011 consid. 1.2 et A- 3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable. En outre, la possibilité d'une appréciation anticipée demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A- 4674/2010 consid. 1.4, A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2 et A- 3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in: Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 157, p. 1126).

En l'occurrence, la présente cause était pendante lors de l'entrée en vigueur de la LTVA, de sorte que les règles du nouveau droit de procédure doivent s'appliquer.

1.4 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. également ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, p. 73 n. 2.149; ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zürich 2010, ch. 1758 ss).

Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. PIERRE MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés

et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 du 22 décembre 2011 consid. 1.3 et A-4659/2010 du 14 juin 2011 consid. 1.2).

1.5 Dans la présente cause, il appartient au Tribunal de céans d'exposer les règles concernant l'existence et la qualification d'une opération au sens de la TVA (cf. consid. 2.1), les principes applicables à la détermination du lieu d'une opération (cf. consid. 2.2), l'imposition et l'assujettissement en matière d'impôt sur les acquisitions (cf. consid. 2.3) et, enfin, le champ d'application de la TVA, en particulier la problématique des exonérations au sens impropre (cf. consid. 2.4).

2.

2.1 Une opération se caractérise par une livraison de biens (art. 6 aLTVA) ou une prestation de services (art. 7 aLTVA), une contre-prestation ainsi qu'un rapport d'échange entre les deux (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 consid. 2.2 et A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 2.2).

2.1.1 Selon l'art. 6 aLTVA, il y a livraison de biens lorsque le pouvoir de disposer économiquement d'un bien est accordé à une personne en son propre nom, lorsqu'un bien sur lequel des travaux ont été effectués est remis, même si ce bien n'a pas été modifié, mais simplement examiné, étalonné, réglé, contrôlé dans son fonctionnement ou traité d'une autre manière, ou lorsqu'un bien est mis à la disposition d'un tiers à des fins d'usage ou de jouissance (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A- 6743/2009 du 3 mai 2010 consid. 2.2.1, A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 2.2, A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.1; ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum ch. 199 ss p. 89 ss; voir également ALOIS CAMENZIND/ NIKLAUS HO- NAUER/KLAUS A. VALLENDER/MARCEL R. JUNG/SIMEON L. PROBST, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 3e éd., Berne 2012, n. marg. 652 ss.).

2.1.2 Conformément à l'art. 7 al. 1 aLTVA, est réputée prestation de services toute prestation qui ne constitue pas la livraison d'un bien (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012; MOL- LARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 217 p. 228). Par cette formule négative, le législateur, conformément au principe de généralité, fait en sorte que toute prestation entrant dans le champ de la TVA au

sens technique et ne constituant pas une livraison de biens soit imposable comme prestation de services. Si cette solution permet d'assurer la cohérence du système de la TVA en évitant toute lacune, dès l'instant où une opération entre dans le champ d'application de l'impôt, elle suppose en revanche une énumération détaillée et exhaustive des prestations de services exonérées au sens impropre (art. 18 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6743/2009 du 3 mai 2010 consid. 2.2.1, A- 1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 2.2; MOL- LARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 218 s. p. 228; CAMEN- ZIND/HONAUER/VALLENDER, op. cit., ch. 275 s. p. 112 s.; voir également CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER/JUNG/PROBST, op. cit., n. marg. 730 ss.).

2.1.3 Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation, entre lesquelles doit exister un rapport économique étroit. La contre-prestation est donc un élément constitutif de l'opération, au même titre que l'échange entre prestation et contre-prestation (cf. ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a et 6a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A- 1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.1 et les références citées; DANIEL RIEDO, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss, CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, op. cit., ch. 159 ss, p. 76 ss.; voir également CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER/JUNG/PROBST, op. cit., n. marg. 616 ss.). En d'autres termes, le caractère onéreux est une condition essentielle de l'opération imposable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_778/2008 du 8 avril 2009 consid. 2 et 2C_229/2008 du 13 octobre 2008 consid. 5.2). En outre, l'existence d'un lien économique entre la prestation et la contre-prestation est indispensable. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. ATF 126 II 443 consid. 6a et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 2.2.2). Pour déterminer l'existence, ainsi que l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il s'agit donc de considérer les choses d'un point de vue économique.

L'échange de prestations suppose quant à lui que plusieurs sujets participent à l'opération (fournisseur et destinataire de la prestation), respectivement que la prestation fournie quitte la sphère commerciale, raison pour laquelle un chiffre d'affaires purement interne ne relève pas de la

TVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_904/2008 consid. 7.1,2C_195/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.1 et 2A.748/2005 du 25 octobre 2006 in: Revue de droit fiscal [RF] 62/2007 p. 234 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 consid. 2.2.2 et A-2387/2007 consid. 2.2.2).

2.1.4 Lorsqu’il s’agit d’évaluer l’existence du lien économique entre la prestation et la contre-prestation, il faut en priorité se baser sur le point de vue du destinataire de la prestation imposable, ce qui correspond à la conception de la TVA comme impôt de consommation. Il convient de vérifier si la dépense est effectuée par le destinataire pour obtenir la prestation imposable par le fournisseur (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7385/2008 et A-957/2011 du 7 décembre 2011 consid. 2.2.1, A- 1579/2006 du 19 novembre 2009 consid. 3.1.2, A-6152/2007du 21 août 2009 consid. 2.2.1 et les références citées; décision de la CRC du 14 juin 2005, JAAC 69.126E. 2a/dd; RIEDO, op. cit., p. 230 ss.).

2.1.5 Les prestations sont en principe attribuées à celui qui, vis-à-vis de l'extérieur, en apparaissant comme prestataire, agit en son propre nom (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1989/2011 du 4 janvier 2012 consid. 2.2.4, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.2, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2.4 et les références citées; RALF IMSTEPF, Die Zuordnung von Leistungen gemäss Art. 20 des neuen MWSTG, in: Archives de droit fiscal suisse [ASA] 78 757, p. 761 s.; MOL- LARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 148, ch 472 ss). La question déterminante est de se demander comment la prestation offerte apparaît pour le public de manière générale, autrement dit, comment elle est objectivement perçue par un tiers neutre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.1, A-1382/2006 et A-1383/2006 du 19 juillet 2007 consid. 3.4.2, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_518/2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008 publié in: ASA 77 567).

2.2

2.2.1 Intitulé « Lieu de la prestation de services », l'art. 14 aLTVA dispose à son al. 1 que, sauf exception, est réputé lieu de la prestation de services l'endroit où le prestataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable à partir duquel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité (cf. ATF 133 II 153 consid. 5.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 5.2.1, A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010

consid. 5.1.1, A-1558/2006 du 3 décembre 2009 consid. 4.1, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.2, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3; MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 142 p. 207).

2.2.2 Pour sa part, l'al. 3 de l'art. 14 aLTVA établit une liste exhaustive de prestations de services - dites immatérielles (cf. XAVIER OBERSON, Qualification et localisation des services internationaux en matière de TVA, in : Archives 69 403, p. 414 s.) - qui sont localisées à l'endroit où le destinataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable pour lequel les prestations de services sont fournies ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A- 3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 5.2.3.1, A-1558/2006 du 3 décembre 2009 consid. 4.3, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.2, A- 1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3 et les références citées). L'art. 14 al. 3 aLTVA fait ainsi exception à la règle générale, le lieu de la prestation se déterminant en fonction du destinataire et non du prestataire. Cette exception se justifie parce que le lieu où les prestations de services énumérées à l'art. 14 al. 3 aLTVA sont utilisées coïncide en général avec le lieu où se trouve le destinataire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 5.1.3, A-617/2008 du 31 mars 2010 consid. 3.1, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, op. cit., ch. 600; voir également CA- MENZIND/HONAUER/VALLENDER/JUNG/PROBST, op. cit., n. marg. 258 ss.; DIETER METZGER, Kurzkommentar zum Mehrwertsteuergesetz, Bern 2000, p. 44, ch. 10).

2.2.3 Conformément à la pratique administrative, il y a utilisation ou exploitation de prestations de services à l'endroit où le destinataire a son siège social ou son domicile. Il ne peut y avoir exonération avec droit à la déduction de l'impôt préalable que si l'on peut prouver que la prestation est consommée à l'étranger. Dans le cas d'exportation de biens, ceci n'est guère problématique. Il y a passage des biens au-travers de la frontière, qui est attesté par l'autorité douanière et les documents douaniers correspondants. Il en va autrement des prestations de services. En l'absence d'un mouvement physique des marchandises, le droit en vigueur doit se rattacher au siège social, respectivement au domicile du destinataire de la prestation. Si le destinataire de la prestation a son siège social, respectivement son domicile à l'étranger, on admet – du moins en relation avec d'autres indications ressortant de copies de factures, de pièces justificatives du paiement, de contrats, etc. – que la prestation de services est

consommée à l'étranger, respectivement qu'elle y est utilisée ou exploitée. A l'inverse, si le destinataire de la prestation a son siège social, respectivement son domicile en Suisse, on admet que la prestation de services est consommée en Suisse et, en conséquence, qu'elle y est utilisée ou exploitée. Faute de véritable alternative, le siège social, respectivement le domicile du destinataire de la prestation, constitue donc un indice important en faveur du lieu de la consommation de la prestation de service (cf. JAAC 65.103 consid. 8e et les références citées; MARCO MOLINO, Les opérations transfrontalières en matière de TVA, Etude de droit comparé, Agno 1999, p. 92 s.).

Ainsi, dans l'idée de mettre en pratique le principe du pays de destination, respectivement le principe du domicile, l'exigence de l'indication du siège social, respectivement du domicile du destinataire par le prestataire est indispensable et, par voie de conséquence, justifiée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.541/2006 du 21 février 2007 consid. 2.3 et 2A.247/2000 du 20 avril 2001 consid. 2e; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 4.3.3, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 4.2 et A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 3.2; décision de la CRC 1999-134 du 29 mai 2000, in : JAAC 64.112 consid. 3e).

2.3

2.3.1 Aux termes de l'art. 5 al. 1 let. d aLTVA, est soumise à l'impôt, pour autant qu'elle ne soit pas expressément exclue du champ de celui-ci (c'est-à-dire exonérée au sens impropre au sens de l'art. 18 aLTVA), l'acquisition à titre onéreux de prestations de services d'entreprises ayant leur siège à l'étranger. Cette forme de TVA est appelée "impôt sur les acquisitions".

D'une part, l'impôt sur les acquisitions concrétise le principe du lieu de destination dans le trafic international de services. Selon ce principe, une prestation doit être imposée là où elle est utilisée ou consommée. Il en résulte que les exportations doivent être exonérées d'impôt et les importations taxées (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2220/2008 et A-2221/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.1.3, A-1361/2006 du 19 février 2007 consid. 5.4, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.3; JÖRG R. BÜHLMANN, in mwst.com, remarque préalable à l'art. 19, ch. 1; RIEDO, op. cit., p. 62). Mais surtout, il convient de rappeler que la norme en question fixe l'acquisition comme objet d'impôt permettant l'assujettissement.

2.3.2 L'art. 10 aLTVA détermine l'objet de l'impôt en matière de prestations de services fournies par une entreprise ayant son siège à l'étranger.

Selon cette disposition, sont soumises à l'impôt sur les acquisitions, les prestations de services tombant sous le coup de l'art. 14 al. 3 LTVA, fournies sur le territoire suisse par une entreprise non assujettie sur le territoire suisse, ayant son siège à l'étranger et qui n'a pas opté pour l'assujettissement volontaire en application de l'art. 27 aLTVA. Sont de même soumises à cet impôt les prestations de services imposables tombant sous le coup de l'art. 14 al. 1, que le destinataire ayant son siège sur le territoire suisse acquiert de l'étranger et utilise ou exploite sur le territoire suisse.

Autrement dit, sont soumises à l'impôt sur les acquisitions les prestations qui, soit sont rattachées au lieu du prestataire d'après le principe général de l'art. 14 al. 1 aLTVA mais importées par la suite, soit sont soumises directement au principe du lieu du destinataire en vertu des exceptions de l'art. 14 al. 3 aLTVA.

En d'autres termes, dans la mesure où elles sont consommées en Suisse, les prestations de services en provenance de l'étranger sont assimilées à des opérations effectuées sur le territoire suisse, à la différence que, dans cette éventualité, l'obligation fiscale est transférée du prestataire au destinataire de la prestation (reverse charge), pour éviter les difficultés pratiques que l'AFC rencontrerait à vérifier l'assujettissement correct des prestataires étrangers (cf. JAAC 65.103 consid. 8d).

Par ailleurs, les exonérations d'impôt au sens impropre valent également en matière d'impôt sur les acquisitions (cf. art. 5, phrase introductive, aLTVA).

2.3.3 Le cercle des assujettis à l'impôt sur les acquisitions est défini par l'art. 24 aLTVA. Ainsi, est assujetti à cet impôt quiconque, au cours d'une année civile, acquiert aux conditions mentionnées à l'art. 10 aLTVA pour plus de Fr. 10'000.-- de prestations services d'entreprises ayant leur siège à l'étranger. Si cet acquéreur n'est pas déjà assujetti en vertu de l'art. 21 al. 1 aLTVA, autrement dit, s'il n'est pas assujetti à raison de la TVA interne, l'assujettissement se limite à ces acquisitions de prestations à l'étranger. Le montant minimal de Fr. 10'000.-- par année civile s'applique également à l'assujetti visé à l'art. 21 al. 1 aLTVA; celui-ci doit cependant déclarer toute acquisition (cf. art. 24 aLTVA).

2.4

2.4.1 En vertu de l'art. 1 aLTVA, la Confédération perçoit à chaque stade du processus de production et de distribution un impôt général à la

consommation (taxe sur la valeur ajoutée, TVA) avec déduction de l'impôt préalable. Malgré son caractère général, l'impôt est soumis à un certain nombre d'exceptions. Celles-ci sont en particulier réglées à l'art. 18 aLTVA, qui "exclut du champ de l'impôt", c'est-à-dire, en termes techniques, exonère au sens impropre, un certain nombre de prestations. De manière concomitante, la déduction de l'impôt préalable relatif aux prestations ainsi exonérées est également exclue (art. 17 aLTVA; art. 29 al. 1 LTVA). L'impôt préalable devient ainsi un facteur de coût pour les prestataires, ce qui induit bien souvent une augmentation des prix. C'est le phénomène dit de la "taxe occulte" (cf. RIEDO, op. cit., p. 77). Les exonérations (improprement dites) de ce genre sont donc critiquées par la majorité de la doctrine, raisonnement que tient aussi le Tribunal fédéral (cf. ATF 124 II 193 consid. 5e et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral A- 3395/2007 du 24 février 2009 consid. 2.1). Il se justifie ainsi d'interpréter les dispositions concernées de manière plutôt restrictive, même s'il faut d'abord chercher à en trouver le sens véritable (ATF 124 II 193 consid. 5e; arrêt du Tribunal fédéral 2C_11/2008 du 16 mai 2008 consid. 2.4;2C_613/2007 du 15 août 2008 consid. 2.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3395/2007 du 24 février 2009 consid. 2.1, A-1470/2006 du 5 février 2009 consid. 3.4.1; MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 260 ch. 336 s.).

2.4.2 L'art. 18 aLTVA exonère au sens impropre certaines prestations se rapportant notamment au domaine de la formation.

2.4.2.1 La lettre a du chiffre 11 dudit article exonère les opérations réalisées dans le domaine de l'éducation des enfants et des jeunes, de l'enseignement, de l'instruction, de la formation continue et du recyclage professionnel, y compris l'enseignement dispensé par des professeurs privés ou des écoles privées.

2.4.2.2 Entrée en vigueur le 1er juillet 2002, la lettre d de l'art. 18 ch. 11 aLTVA exonère les prestations de services d'ordre organisationnel (y compris les prestations accessoires qui y sont liées) que les membres d'une institution qui réalise des opérations exclues du champ de l'impôt en vertu des lettres a à c fournissent à cette institution. Sont notamment réputées prestations de services d'ordre organisationnel, l'organisation de cours, de congrès, d'examens, l'organisation de l'infrastructure pour ces manifestations, le secrétariat, l'encaissement et la comptabilité en relation avec des manifestations à caractère didactique, l'établissement de concepts et l'élaboration de cours (cf. Communication de la pratique concernant les prestations de services d'ordre organisationnel et les

taxes d'examens, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, AFC, Berne, 13 août 2002, ch. 2). Cette exclusion du champ de l'impôt est contraire au principe selon lequel l'art. 18 aLTVA ne s'applique pas aux opérations préalables ne relevant pas de la transmission d'un savoir. C'est la raison pour laquelle la lettre d de l'art. 18 ch. 11 aLTVA doit être interprétée restrictivement (cf. Bulletin officiel de l'Assemblée fédérale [BO] 2001 E 603).

Par conséquent, seules les prestations d'ordre organisationnel étroitement liées à l'enseignement et qui sont fournies à une institution dispensant un enseignement exclu par les personnes physiques ou morales constituant l'institution en cause peuvent bénéficier de cette exclusion du champ de l'impôt (cf. Rapport du 26 mars 2001 de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national in: Feuille Fédérale [FF] 2001 p. 3017 ch. 3.2.2; Avis du Conseil fédéral du 5 juin 2001 in: Feuille fédérale [FF] 2001 p. 5706 ; Bulletin officiel de l'Assemblée fédérale [BO] 2001 N 864; Brochure 610.540.19, Formation et recherche, valable du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2009, ch. 3.9.2).

Ainsi, la lettre d exclut du champ de l'impôt les prestations de services d'ordre organisationnel fournies à une institution, à deux conditions cumulatives: premièrement, le prestataire doit être membre de la même institution que le prestataire de l'enseignement et, deuxièmement, ces prestations doivent être fournies directement en vue de la réalisation, par dite institution, d'opérations visées aux lettres a à c de l'art. 18 ch. 11 aLTVA (cf. Communication de la pratique concernant les prestations de services d'ordre organisationnel et les taxes d'examens, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, AFC, Berne, 13 août 2002, ch. 2).

3.

3.1 En l'espèce, il appert que l'objet du litige repose sur le fait de savoir si les prestations acquises par la recourante et fournies par Y._______ relèvent de prestations de services d'ordre organisationnel exclues du champ de l'impôt.

Compte tenu de l'objet du litige et de l'exposé en droit, il s'agira dans un premier temps, d'examiner l'opération en cause (cf. consid. 3.2). Dans un deuxième temps, il y aura lieu d'aborder la notion de lieu de l'acquisition de prestations de services (cf. consid. 3.3). Il conviendra ensuite de traiter la problématique d'assujettissement en cas d'acquisition de prestations de services en provenance de l'étranger (cf. consid. 3.4). Il sera finalement nécessaire d'analyser le champ d'application de la TVA et des opérations exonérées au sens impropre (cf. consid. 3.5).

3.2 En premier lieu, l'existence d'une opération au sens de la TVA ne fait guère de doute au regard des considérations suivantes.

Tout d'abord, il ressort du dossier que Y._______ a manifestement effectué des prestations en faveur de la recourante. En effet, Y._______ gère… telles que…. Y._______ centralise également les…. En outre, tous… donnés à… sont soumis à l'approbation de Y._______, seule compétente pour…. Ces opérations peuvent sans nul doute être qualifiées de prestations de services car en dépit du fait qu'il s'agit de… dans la plupart des prestations précitées, on ne saurait parler de livraison de biens.

En outre, suite à l'examen du dossier, il appert que Y._______ a effectué ces prestations de services en son nom et pour son propre compte, de sorte que celles-ci lui sont attribuées.

Ensuite, en ce qui concerne la contre-prestation nécessaire à l'existence d'une opération au sens de la TVA, il ressort du dossier que la recourante verse un montant à Y._______ afin de s'acquitter des… fournies par celle-ci. En effet, le coût d'opération de ces services est réparti entre les…, selon une… fondée sur les…. Ces prestations sont donc fournies à titre onéreux.

Finalement, comme cela a été mentionné dans la partie en droit (cf. consid. 2.1.3), afin d'être en présence d'une opération au sens de la TVA, un lien économique direct doit exister entre la prestation et la contreprestation, du point de vue du destinataire de la prestation. En l'occurrence, il ressort clairement du recours formé par la recourante, destinataire des prestations fournies par Y._______, qu'elle acquitte, par une comptabilisation annuelle, les frais de prestations nécessaires au bon fonctionnement de...

3.3 Par ailleurs, comme le prévoit l'art. 14 al. 3 aLTVA et la pratique administrative (cf. consid. 2.2.2), lorsque le destinataire d'une prestation a son siège social en Suisse, il est admis que la prestation de services est consommée en Suisse. Ainsi, le siège social, respectivement le domicile du destinataire de la prestation, constitue un indice important en faveur du lieu de consommation de la prestation de service. En l'occurrence, la recourante, sise à…, est la destinataire des prestations de services fournies par Y._______. Celles-ci ont été consommées et utilisées… par la

recourante, car elles concernent des…. Par conséquent, les prestations de services fournies par Y._______ sont localisées au lieu du destinataire, à savoir…. En outre, il sied de relever que ce point n'est pas contesté par les parties.

3.4 Dans un dernier temps, comme mentionné dans la partie en droit (cf. consid. 2.3), l'art. 5 al. 1 let. d aLTVA prévoit l'imposition de l'acquisition à titre onéreux de prestations de services d'entreprises étrangères. L'art. 10 aLTVA précise quant à lui l'objet de cet impôt. Selon cette disposition, sont soumises à l'impôt sur les acquisitions, les prestations de services directement rattachées au principe du lieu du destinataire en vertu de l'art. 14 al. 3 aLTVA. En l'occurrence, comme cela a été énoncé ci-dessus (cf. consid. 3.3), les prestations de services acquises par la recourante et fournies par Y._______ sont localisées au lieu du destinataire. Ces dernières sont ainsi soumises à l'impôt sur les acquisitions, l'obligation fiscale incombant à la recourante.

A teneur de l'art. 24 aLTVA, est assujetti à l'impôt quiconque, au cours d'une année civile, acquiert aux conditions de l'art. 10 pour plus de Fr. 10'000.-- de prestations de services d'entreprises ayant leur siège à l'étranger. Ce montant s'applique également en cas d'assujettissement au sens de l'art. 21 al. 1 aLTVA. Il ressort de l'examen du dossier que la recourante est assujettie au sens de l'art. 21 aLTVA au registre de l'AFC, suite à une immatriculation datant du…. Force est de constater que Y._______ est une entreprise étrangère, sise… En outre, celle-ci n'est pas immatriculée au registre des contribuables de l'AFC. Les prestations de services en cause ont été acquises par la recourante du… pour un montant total de Fr. 603'115.--, elles dépassent donc largement Fr. 10'000.-- par année civile. Dans ces conditions, il en résulte que la recourante est assujettie à l'impôt sur les acquisitions.

3.5 Demeure encore à examiner la question de savoir si les prestations de services acquises par la recourante sont imposables ou exonérées au sens impropre, comme elle le soutient.

3.5.1 Il est vrai que des prestations de services fournies par Y._______ ont été acquises par la recourante. Sans nul doute, les prestations énumérées ci-dessus (cf. consid. 3.2) sont indispensables à… par la recourante. Cependant, cette dernière n'ayant plus invoqué la lettre a de l'art. 18 ch. 11 aLTVA dans son recours, il ne s'agira dès lors que d'examiner la lettre d de l'art. 18 ch. 11 aLTVA, ayant trait aux prestations de services d'ordre organisationnel. Comme cela a été mentionné dans la partie en

droit du présent arrêt (cf. consid. 2.4.2.2), pour qu'une prestation de services d'ordre organisationnel soit exclue du champ de l'impôt au sens de l'art. 18 ch. 11 let. d aLTVA, deux conditions cumulatives doivent être remplies.

3.5.1.1 La première condition suppose que le prestataire de services soit membre de l'institution à laquelle il fournit une prestation. A teneur de la pratique de la Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, tant le prestataire que le destinataire de la prestation de services d'ordre organisationnel doivent être membres d'une institution (une société simple par exemple). Par le biais de l'exigence minimale de l'existence d'une société simple, la pratique administrative instaure une relative souplesse en la matière. Ainsi, la société simple est mentionnée à titre exemplatif, la collaboration entre les parties ne devant pas nécessairement prendre la forme d'un tel contrat. Dite pratique ne saurait cependant reléguer le texte légal lui-même, qui dispose clairement que le prestataire des prestations de services d'ordre organisationnel doit impérativement faire partie de l'institution à laquelle il fournit des prestations.

Or, tel n'est absolument pas le cas en l'espèce. Certes, il existe des liens étroits entre Y._______ et la recourante. Il est vrai aussi que Y._______ est… et, comme cela ressort du dossier, … nécessite l'approbation de Y._______. Toutefois, en l'occurrence, il sied de relever qu'il n'existe aucune société simple, ni aucune institution qui intégrerait les…, comme l'exige la loi. En outre, aucune institution n'est assujettie au registre de l'AFC, la recourante étant la seule immatriculée. Dès lors, à la lumière d'une analyse faite selon les principes régissant la TVA, il y a lieu de considérer qu'il existe deux entités séparées, à savoir la recourante, assujettie et Y._______, non-assujettie, en tant qu'entreprises totalement indépendantes. Par conséquent, c'est à tort que la recourante invoque des liens étroits pour tenter de démontrer qu'elle et Y._______ sont membres d'une même institution.

La recourante cite encore (cf. ch. 68 du recours), un exemple tiré de la Brochure n°19 éditée par l'AFC (cf. Brochure 610.540.19, Formation et recherche, valable du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2009, p. 26 ss.). Toutefois, cet exemple n'est en aucun cas comparable à l'état de fait en cause. En effet, il s'agit d'un cas où les trois acteurs mentionnés sont membres d'une même institution, à savoir une société simple, offrant en son propre nom des services exclus du champ de l'impôt. Par conséquent, contrairement à ce que pense la recourante, cet exemple ne lui est d'aucun secours.

Il s'avère donc que la première condition fait défaut, de sorte que le recours devrait déjà être rejeté. Toutefois, par abondance d'examen, la deuxième condition sera traitée ci-dessous (cf. consid. 3.5.1.2).

3.5.1.2 La seconde condition prévoit que les prestations préalables fournies par le prestataire membre de l'institution doivent être fournies directement en vue de la réalisation d'opérations visées aux lettres a à c de l'art. 18 ch. 11 aLTVA par cette même institution. Il est vrai que la recourante propose des.... Cependant, ces… sont exclusivement fournies par la recourante. Elles ne sont en aucun cas le fait d'une institution dont seraient membres la recourante et Y._______ qui dispenserait en son propre nom, un… exclu du champ de l'impôt. Dans ces conditions, c'est à tort que la recourante prétend le contraire (cf. ch. 64 du recours). En outre, il sied de relever, à ce stade de l'analyse, que l'exonération en cause constitue une entorse au principe de la "théorie des stades", qui postule que seul le dernier stade est exonéré (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_613/2007 du 15 août 2008, consid. 2.2).

Par conséquent, le recours doit déjà être rejeté pour les motifs précités, sous réserve des autres arguments invoqués par la recourante.

3.6 Demeure encore l'argument concernant la distorsion de la concurrence (cf. ch. 72 ss. du recours).

3.6.1 Tout d'abord, il existe un principe qui veut que l'assujetti doit se laisser opposer les suites fiscales des formes juridiques qu'il a choisies pour organiser ses relations (cf. arrêts du Tribunal federal 2A.351/2004 du 1er décembre 2004 consid. 5.5 et du 25 août 1998 in Archives vol. 65 p. 671 consid. 2d/bb; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1388/2006 du 11 octobre 2007 consid. 3.2, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2, A-1689/2006 du 13 août 2007 consid. 2.4, A-1424/2006 du 13 juillet 2007 consid. 4.2). L'administration doit elle-même en accepter les conséquences et ne peut intervenir, dans la mesure où l'organisation des relations économiques des parties concernées demeure dans les limites légales (cf. décision non publiée de la CRC 2001-119 du 8 octobre 2002 consid. 4b, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral du 26 mai 2004 in RDAF 2004 II p. 419 ss; a contrario Archives vol. 65 p. 674 consid. 2d/bb, vol. 55 p. 72 consid. 4c). En outre, il n'appartient pas à l'autorité fiscale de se substituer aux parties pour rétablir une hypothétique situation plus favorable à l'encontre des opérations qu'elles ont effectivement choisi de mener (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.249/2003 du 14 mai 2004 consid. 4.3 in fine).

Il est vrai que la recourante et Y._______ auraient pu aménager leurs relations différemment. Cependant, leur choix de centraliser un grand nombre de tâches pour des raisons de… ressort de façon manifeste à l'examen du dossier. Cette décision ne peut être remise en question, malgré le fait que d'autres options eussent été possibles. L'AFC doit donc s'en tenir à la manière dont la recourante a organisé ses relations économiques, dans la mesure où les limites légales n'ont pas été dépassées. Par conséquent, le grief doit déjà être rejeté pour ce motif.

3.6.2 Ensuite, il convient de rappeler que selon une jurisprudence constante, la liberté économique garantie par l'art. 27 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst, RS 101) n'offre aucune protection contre un impôt général tel la TVA et ce, même dans les cas où la taxation par cet impôt entraînerait une complication de la lutte concurrentielle. Ainsi, il n'y a aucune raison qui justifierait une exception, à moins que l'impôt en question ne renferme des éléments inégalitaires qui le laisseraient paraître comme un impôt spécial illicite, ce qui n'est manifestement pas le cas en l'espèce (cf. arrêts du Tribunal fédéral ATF 125 II 326, 347, RDAF 1999 II 483; ATF 99 Ia 638 consid. 6 p. 647 avec les renvois).

3.6.3 Finalement, la recourante a invoqué dans son recours (cf. ch. 79) le rapport explicatif du Département des finances de février 2007 relatif à la simplification de la TVA. Ce rapport a été rédigé dans le cadre du processus d'élaboration de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Comme cela a été mentionné dans la partie en droit (cf. consid. 1.3), la présente cause tombe matériellement sous le coup de l'aLTVA et non de la LTVA, l'état de fait s'étant déroulé du.... L'application du droit futur ou d'un nouveau droit n'est en règle générale pas admise et le fait que le droit futur prévoit un système différent ne permet pas, sous réserve de cas exceptionnels n'étant pas réalisés en l'espèce, de s'écarter du droit présentement en force et d'appliquer le droit à venir par anticipation (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 3 avril 2000 consid. 6b in: RDAF 2000 II p. 307). De plus, en l'espèce, il s'agit d'un rapport rédigé dans le cadre de l'élaboration de la LTVA et non d'une simple concrétisation ou clarification de l'ancien droit, à savoir l'aLTVA. Dans ces conditions, c'est à tort que la recourante a invoqué ledit rapport.

Par conséquent, le grief de la distorsion de la concurrence est manifestement mal fondé.

4. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 12'500.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, les avances sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario, et art. 7 al. 3 FI- TAF).